در گذشته، تمام موجودات تک‌سلولی که هسته تعریف‌شده‌ای نداشتند، تحت عنوان پروکاریوت‌ها در یک گروه قرار می‌گرفتند. اما در دهه 1970، میکروب‌شناسی به نام کارل ووز با بررسی مولکول‌های RNA ریبوزومی (rRNA) در موجودات مختلف، انقلابی در طبقه‌بندی پروکاریوت‌ها ایجاد کرد.
تا به امروز، سیستم طبقه‌بندی سه دامنه‌ای به طور گسترده پذیرفته شده است و به عنوان پایه‌ای برای درک تنوع و تکامل موجودات زنده عمل می‌کند. در اینجا خلاصه‌ای از این سیستم ارائه می‌شود:
دامنه باکتری‌ها: این دامنه شامل باکتری‌های شناخته شده مانند اشریشیا کلی (E. coli) و سالمونلا است. باکتری‌ها به طور معمول سلول‌های کوچک‌تر و ساده‌تری نسبت به آرکئاها دارند و در طیف وسیعی از محیط‌ها از جمله خاک، آب و بدن موجودات زنده یافت می‌شوند.
دامنه آرکئاها: آرکئاها گروهی از موجودات زنده هستند که شباهت‌هایی به باکتری‌ها دارند، اما در برخی ویژگی‌های کلیدی مانند ساختار غشاء سلولی و فرآیندهای متابولیکی با آنها تفاوت دارند. آرکئاها اغلب در محیط‌های شدید مانند چشمه‌های آب گرم، دریچه‌های هیدروترمال و اعماق دریا یافت می‌شوند.
دامنه یوکاریوت‌ها: این دامنه شامل همه سلول‌های دارای هسته حقیقی، مانند گیاهان، حیوانات، قارچ‌ها و آغازیان می‌شود. یوکاریوت‌ها به طور کلی سلول‌های پیچیده‌تری نسبت به پروکاریوت‌ها دارند و دارای اندامک‌های متعددی هستند که عملکردهای مختلفی را انجام می‌دهند.
باکتری‌ها با سابقه‌ای بیش از 3.5 میلیارد سال، در هر گوشه‌ای از کره زمین یافت می‌شوند. از اعماق تاریک اقیانوس‌ها تا قله‌های مرتفع کوه‌ها، این موجودات سرسخت در طیف وسیعی از شرایط محیطی زندگی می‌کنند و نقش‌های حیاتی در چرخه‌های بیوژئوشیمیایی، تجزیه مواد آلی و همزیستی با سایر موجودات زنده ایفا می‌کنند.
برخی از باکتری‌ها مفید هستند و به هضم غذا، تولید ویتامین‌ها و آنتی‌بیوتیک‌ها و حتی پاکسازی محیط زیست کمک می‌کنند. با این حال، برخی دیگر می‌توانند بیماری‌های خطرناکی مانند ذات‌الریه، وبا و طاعون را ایجاد کنند.
باکتری‌ها به دلیل تنوع ژنتیکی و فیزیولوژیکی فوق‌العاده خود، موضوعی جذاب برای مطالعه دانشمندان در سراسر جهان هستند. دانشمندان با بررسی ساختار سلولی، متابولیسم و توانایی‌های ژنتیکی باکتری‌ها، در تلاشند تا درک عمیق‌تری از دنیای میکروسکوپی و نقش آن در سلامت انسان و محیط زیست به دست آورند.
آرکئاها، خویشاوندان کمتر شناخته‌شده باکتری‌ها، در محیط‌های شدید مانند چشمه‌های آب گرم غلیظ از گوگرد، دریچه‌های هیدروترمال در اعماق اقیانوس‌ها و خاک‌های شور قلیایی یافت می‌شوند. این موجودات شگفت‌انگیز با شرایطی که برای اکثر موجودات زنده کشنده است، سازگار شده‌اند و در برخی از مسیرهای متابولیکی منحصربه‌فرد عمل می‌کنند.
برای مثال، برخی از آرکئاها از متان به عنوان منبع انرژی استفاده می‌کنند، در حالی که برخی دیگر در تاریکی مطلق فتوسنتز می‌کنند. تنوع ژنتیکی و فیزیولوژیکی آرکئاها، دانشمندان را مجذوب خود کرده و آنها را به مطالعه این موجودات برای درک بهتر فرآیندهای تکاملی و پتانسیل‌های بیوتکنولوژی سوق داده است.
رابطه بین پروکاریوت‌ها و یوکاریوت‌ها پیچیده‌تر از آن چیزی است که در ابتدا تصور می‌شد. مطالعات نشان داده است که یوکاریوت‌ها در واقع از یک سلول یوکاریوتی ساده و یک باکتری تکامل یافته‌اند. این همزیستی باستانی منجر به انتقال ژن‌ها بین دو نوع سلول و ظهور سلول‌های پیچیده‌تر با عملکردهای جدید شد.
امروزه، شواهدی از همزیستی‌های پیچیده بین پروکاریوت‌ها و یوکاریوت‌ها در سراسر دنیای موجودات زنده یافت می‌شود. به عنوان مثال، باکتری‌های روده نقش مهمی در هضم غذا و سیستم ایمنی بدن انسان ایفا می‌کنند، در حالی که جلبک‌های همزیست در مرجان‌ها برای تولید مواد مغذی ضروری هستند.
درک روابط بین پروکاریوت‌ها و یوکاریوت‌ها نه تنها برای درک بهتر تاریخ تکامل حیات، بلکه برای توسعه درمان‌های جدید برای بیماری‌ها، بهبود تولید غذا و حفاظت از محیط زیست نیز حائز اهمیت است.
