امروز : چهارشنبه 05 مهر 1402
همیشه جهش، پشت ژن پنهان نمی‌مونه
🔬دانشمندان روش جدیدی کشف کردند که می‌تواند سویه‌های مرتبط با اختلالات ژنتیکی را با موفقیت ردیابی
کند.
🔹در روش قبلی دانشمندان پس از بروز علائم بالینی بیمار، بابررسی ژنوم او به دنبال یافتن توضیحی برای آن اختلالات بودند. این روش محققان را محدود می‌کرد چرا که بررسی‌های آنان بر اساس شناختشان از بیماری بود.
🔺اما در روش جدید پژوهشگران، ارتباط بین ژنوتیپ و اختلالات بالینی را می‌سنجند. مثلاً در این مطالعه بدان پی بردند که کسانی که بیش از دو تکرار ژن TPSAB1 را داشته باشند احتمالاً علائمی در بافت پیوندی، گوارشی و عصبی نشان می‌دهند.
🧬انجام چنین پژوهش‌هایی نه‌تنها نقش ژنتیک در مسائل مختلف را نشان می‌دهد بلکه به ما راه‌های پیشگیری و تشخیص زودهنگام را نیز نشان می‌دهد.
✍🏻 سامان روزبه
📥 منبع:
genome
دانلود نرم افزار VMD برای تحلیل ساختارهای مولکولی: دانلود رایگان و پشتیبانی از فرمت های مختلف
VMD یک نرم افزار مجازی سازی مولکولی است که برای تجزیه و تحلیل ساختارهای مولکولی و دینامیک سیستم های بیومولکولی مانند پروتئین ها، اسیدهای نوکلئیک و لیپیدها استفاده می شود. این نرم افزار قابلیت پردازش و نمایش ساختارهای مولکولی با ابعاد وسیع را داراست و محیطی کاربری گرافیکی دارد که به کاربر امکان نمایش سه بعدی ساختار مولکولی را می دهد. همچنین VMD ابزارهای متعددی برای تحلیل و پردازش داده های سیستم های بیومولکولی را فراهم می کند. این نرم افزار برای پژوهشگران و دانشجویانی که در زمینه بیوفیزیک و شیمی بیولوژیکی فعالیت می کنند بسیار مفید است.
دانلود نرم افزار 1.4 FinchTV برای تحلیل و بررسی توالی‌های DNA و RNA
نرم افزار FinchTV یک نرم افزار رایگان و قدرتمند برای تحلیل و بررسی توالی‌های DNA و RNA است. با استفاده از این نرم افزار، کاربران می‌توانند توالی‌های DNA و RNA خود را بصورت مستقیم و با استفاده از دستگاه‌های Sanger sequencing تحلیل کنند.
FinchTV قابلیت‌های مختلفی را در اختیار کاربران خود قرار می‌دهد، از جمله امکان مشاهده توالی‌ها در قالب نمودار، تشخیص و برچسب‌گذاری برای قرار دادن نقاط برجسته و تغییرات در توالی‌ها، ترجمه توالی‌های RNA به پروتئین، نمایش و بررسی فایل‌های توالی در قالب‌های مختلف و بسیاری از ویژگی‌های دیگر.
با توجه به ویژگی‌های FinchTV، این نرم افزار برای محققان، دانشجویان و همه علاقه‌مندان به زیست‌شناسی و ژنتیک مولکولی بسیار مناسب است.
دانلود نرم افزار 2.1 Clustal X برای تحلیل توالی‌های ژنتیکی
نرم‌افزار Clustal X یکی از ابزارهای بسیار معروف برای تحلیل توالی‌های ژنتیکی است. این نرم‌افزار برای تحلیل توالی‌های DNA و RNA و همچنین تحلیل توالی‌های پروتئینی قابل استفاده است.
از قابلیت‌های این نرم‌افزار میتوان به تطبیق توالی‌های چندین نمونه، ارزیابی تطابق توالی‌ها، انجام محاسبات فیلوژنتیکی برای بررسی روابط فامیلی بین توالی‌ها و ایجاد درخت فیلوژنتیک اشاره کرد.
Clustal X قادر است فرمتهای مختلف توالی‌های ژنتیکی و پروتئینی را پشتیبانی کند، به طوری که کاربر می‌تواند فایل‌های FASTA، MSF و Clustal برای ورودی به نرم‌افزار استفاده کند.
Galaxy یک پلتفرم متن باز و آزاد برای انجام تحقیقات در علوم زیستی است. در اینجا نحوه عضویت و دانلود نرم افزار Galaxy را توضیح می‌دهیم:
بازدید از وب سایت Galaxy: ابتدا باید به وب سایت Galaxy به آدرس https://galaxyproject.org/ بروید.
عضویت در Galaxy: برای استفاده از Galaxy باید در سایت ثبت نام کنید. برای این منظور روی گزینه "Login or Register" کلیک کنید و سپس گزینه "Register" را انتخاب کنید. پس از اینکه فرم عضویت باز شد، اطلاعات مربوط به شما را وارد کنید و بر روی دکمه "Register" کلیک کنید.
دانلود نرم افزار Galaxy: پس از عضویت و ورود به حساب کاربری خود، باید به قسمت "Get Galaxy" در منوی اصلی رفته و نسخه مناسب برای سیستم عامل خود را انتخاب کنید. سپس دکمه "Download" را برای شروع دانلود فایل نرم افزار فشار دهید.
نصب نرم افزار Galaxy: پس از دانلود فایل نرم افزار، باید آن را در سیستم عامل خود نصب کنید. برای نصب نرم افزار Galaxy، فایل دانلود شده را با دوبار کلیک بر روی آن اجرا کنید. سپس روی دکمه "Install" کلیک کنید و منتظر بمانید تا نرم افزار نصب شود.
شروع به کار با Galaxy: پس از نصب نرم افزار، بر روی آیکون Galaxy در دسکتاپ یا برنامه ها کلیک کنید. سپس از طریق وب بروزر خود به Galaxy متصل شوید و با استفاده از امکانات آن، تحقیقات خود را آغاز کنید.
در صوردت بروز هرگونه مشکل در کامنت ها اعلام کنید تا به راهنمایی شما بپردازیم.
نرم‌افزار GALAXY یکی از نرم‌افزارهای مورد استفاده در زمینه بیوانفورماتیک (Bioinformatics) است. این نرم‌افزار برای تحلیل داده‌های ژنتیکی و گیاهی، توالی DNA و RNA، ساختار پروتئین‌ها و تصاویر سه بعدی آنها استفاده میشود. GALAXY یک محیط کاربری وب مبتنی بر مرورگر است و توسط مؤسسه گالاکسی بیوانفورماتیک (Galaxy Project) توسعه داده شده است.
از مزایای استفاده از GALAXY میتوان به سهولت در تحلیل داده‌های بزرگ و پیچیده، قابلیت اجرای گستره الگوریتم‌ها و ارتباط آسان با سایر نرم‌افزارهای بیوانفورماتیک اشاره کرد. این نرم‌افزار رایگان و متن باز بوده و می‌توانید آن را از وبسایت رسمی آن به آدرس galaxyproject.org دریافت کنید. در ادامه می توانید ویژگی های کلیدی این نرم افزار را در سایت ژنیک مشاهده کنید. برای مشاهده نحوه عضویت و دانلود این برنامه از سایت اصلی به این پست مراجعه کنید.
📍دانشمندان به تازگی آزمایش ادراری را کشف کردند که می‌تواند سرطان مثانه را، دوازده‌سال پیش از بروز علائم پیش‌بینی کند.
🔹دراین آزمایش ادرار، وجود قطعات DNAای که حاوی ده جهش کلیدی باشد، می‌تواند نشانه اولیه سرطان مثانه باشد.
🔹این تکنیک urinary comprehensive genomic profiling (uCGP) نام دارد. دراین روش با استفاده از ابزاری به نام "UroAmp"، توالی های DNA را در ادرار کپی می کند تا بررسی آن راحت‌تر شود.
🔹مانند سایر آزمایش‌های سرطان، این آزمایش بر روی افراد مبتلا برای بررسی عود یا پاسخ به درمان کارا است. اگر این آزمایش عملکرد مناسبی را نشان دهد، ممکن است برای غربالگری استفاده شود.
✍🏻 سامان روزبه
📥 منبع:
dnascience
با سلام خدمت همه دوستان علاقه مند به زیست شناسی مولکولی و بیوانفورماتیک. در این پست قصد دارم به شما آموزش نصب نرم افزار Gene Codes Sequencher را بدهم. این نرم افزار یکی از قدرتمندترین و پرکاربردترین نرم افزارهای سنجش و آنالیز ساختار دی ان ای و آر ان ای است که با استفاده از آن می توانید هر گونه عملیاتی مانند بازسازی ساختار دی ان ای، تجزیه و تحلیل سانگر، آنالیز SNP، نقشه برداری و ارزش بندی ساختار ها، تشخیص و تجزیه و تحلیل الگوریتم های توالی نسل بعدی (NGS) و کانتیگ ژن را به راحتی توسط این نرم افزار به انجام برسانید. همچنین این نرم افزار مجموعه Cufflinks را برای تجزیه و تحلیل عمق مترانسکریپتوم و بیان ژن های مختلف در داده های RNA-Seq یکپارچه کرده است. در ادامه به مراحل نصب و فعال سازی این نرم افزار می پردازم.
نرم افزار Vector NTI یکی از پرکاربردترین و قدرتمندترین نرم افزارهای زیست شناسی مولکولی است که برای طراحی، تحلیل و مدیریت توالی های DNA و پروتئین استفاده می شود. این نرم افزار با داشتن امکانات گوناگون و رابط کاربری ساده و کارآمد، می تواند به زیست شناسان مولکولی در انجام پروژه های مختلف کمک کند. در این پست قصد داریم به معرفی برخی از قابلیت های این نرم افزار بپردازیم و نحوه دانلود و نصب آن را برای شما توضیح دهیم.
## قابلیت های نرم افزار Vector NTI
- طراحی پرایمر های کلونینگ و PCR: با استفاده از این نرم افزار می توانید پرایمر های مناسب برای کلونینگ ژن ها یا PCR را طراحی کنید. نرم افزار به صورت خودکار سایت های برش را به پرایمر ها اضافه می کند و مشخصات آنها را نشان می دهد. همچنین می توانید پارامترهای مختلف مانند Tm، GC%، طول، همبستگی و ... را برای پرایمر ها تعیین کنید.
- شبیه سازی کلونینگ: با استفاده از این نرم افزار می توانید فرآیند کلونینگ را به صورت گام به گام شبیه سازی کنید. نرم افزار به شما اجازه می دهد که ژن مورد نظر خود را در وکتور مناسب قرار دهید و نتایج را به صورت گرافیکی و توالی ببینید. همچنین می توانید برسی کنید که ژن شما در وکتور Inframe است یا خیر.
- جستجو در وکتور های ساخت شرکت Invitrogen: با استفاده از این نرم افزار می توانید در بانک داده های وکتور های ساخت شده توسط شرکت Invitrogen جستجو کنید. نرم افزار به شما اجازه می دهد که براساس ویژگی های تخصصی وکتور ها مانند حامل، سطح بروز، سلول مقصد، سایت های برش، نشانگرها، پروموتورها و ... جستجو کنید.
نرم افزار Gene Codes Sequencher شاید زیاد در داخل ایران شناخته شده نباشد و افراد کمی از آن استفاده کنند اما این برنامه بسیار کاربردی در زمینه های NGS ، آنالیز SANGER DNA ، آنالیز SNP و بسیاری کاربردهای دیگر نظیر کاربردهای آنالیز ژن نیز می باشد. برای استفاده از این برنامه باید از کرک یا فعال ساز آن استفاده کنید که در ادامه با توضیحات کامل آن با شما خواهیم بود. اگر مشکل خاصی برخوردید در کامنت ها اعلام کنید.
نرم‌افزار Gene Codes Sequencher یکی از نرم‌افزارهای قدرتمند و پرکاربرد در تحلیل و تفسیر داده‌های سیکوئنسینگ است. این نرم‌افزار با دارا بودن امکاناتی نظیر انجام مواردی از جمله ترکیب، تفسیر و تحلیل داده‌های سیکوئنسینگ، تشخیص خودکار هموئولوگ‌ها، نمایش گرافیکی و پیش‌بینی ساختارهای سه‌بعدی پروتئین، تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی و موارد دیگر، برای پژوهشگران و دانشجویان علوم زیستی و پزشکی بسیار مفید است.
Gene Codes Sequencher با دارا بودن یک رابط کاربری کارآمد و ساده و نیز پشتیبانی از فرمتهای مختلف ورودی و خروجی، به کاربران این امکان را می‌دهد تا به سادگی داده‌های سیکوئنسینگ خود را وارد کنند و با استفاده از ابزارهای مختلف این نرم‌افزار، آنها را تحلیل و تفسیر کنند.
همچنین Gene Codes Sequencher دارای امکاناتی نظیر امکانات ویرایش و بازسازی توالی‌های سیکوئنسینگ، تشخیص و حذف هموئولوگ‌ها، تحلیل چند ژن با هم، تحلیل فاصله ژنتیکی و ساختار سه‌بعدی پروتئین و نیز انجام مواردی مانند تشخیص SNP و تعیین پلی‌مورفیسم‌های طولی میباشد.
Sequencher نرم افزاری برای سنجش، اعمال تغییرات و آنالیز انواع ساختار های دی ان ای، الگوریتم های توالی نسل بعدی و کانتیگ ژن است. شما قادرید هر گونه عملیاتی مانند بازسازی ساختار دی ان ای، تجزیه و تحلیل سانگر، آنالیز SNP و ... را به راحتی توسط این نرم افزار به انجام برسانید. به علاوه این نرم افزار یکپارچگی کاملی با مجموعه Cufflinks suite دارد که به این ترتیب کاربران می توانند به راحتی تمامی رشته های آر ان ای را تجزیه و تحلیل کنند. همچنین این نرم افزار می تواند از تمامی رشته ها و توالی های دی ان ای و آر ان ای نمایی گرافیکی به همراه جداول و نمودار های جامع ارائه دهد.
الیگو 7 بدون شک یکی از بهترین نرم افزارهای مرتبط با طراحی پرایمر می باشد که به راحتی به شما امکان طراحی دستی و همچنین اتوماتیک را با وارد کردن ویژگی های دلخواه و مد نظر شما می دهد. در ادامه مطلب همراه ژنیک باشید تا با امکانات کامل این نرم افزار مشهور آشنا شوید.
نرم‌افزار Oligo یک نرم‌افزار تجاری برای طراحی و شبیه‌سازی الیگونوکلئوتیدها (DNA و RNA) است. این نرم‌افزار از طراحی الیگونوکلئوتیدهای PCR، طراحی پرایمرها، بررسی ساختار دوم DNA و RNA و تعیین دمای ذوب محصولات PCR و hybridization استفاده میکند.
Oligo دارای ابزارهای مختلفی برای تحلیل و طراحی الیگونوکلئوتیدها است، از جمله:
به کمک Oligo میتوان به راحتی الیگونوکلئوتیدهای مورد نیاز را طراحی کرده و به تحقیقات بیولوژیکی و پزشکی کمک کرد.
نرم افزار Oligo یک نرم افزار محاسباتی است که برای طراحی و شبیه‌سازی آمپلیفیکاسیون PCR (پلیمراز زنجیره‌ای) استفاده میشود. این نرم افزار با توجه به توالی DNA هدف و شرایط آمپلیفیکاسیون (مانند دمای انجام واکنش و ترکیبات ریاکشن)، تعیین میکند که چه پرایمرهایی باید برای آمپلیفیکیشن استفاده شوند و چگونه شرایط آمپلیفیکیشن باید تنظیم شوند.
از مزایای استفاده از نرم افزار Oligo، افزایش دقت در طراحی آمپلیفیکاسیون و کاهش خطر واکنش های ناکام، کاهش هزینه ها و زمان طراحی و افزایش سرعت اجرای واکنش ها میباشد.
این نرم افزار برای محققان و علم‌پژوهانی که در زمینه ژنتیک، بیوشیمی و بیوتکنولوژی فعالیت می‌کنند، بسیار مفید است.
نرم افزار Gene Runner بدون شک یکی از بهترین و پرکاربردترین نرم افزارهای زیستی برای آنالیز ژن و همچنین طراحی پرایمر می باشد. در این نرم افزار زمان طراحی پرایمر شما با محیطی کامل دسترسی داشته که به شما قدرت تحلیل بالای پرایمر انتخابی را داده می توانید تمامی شرایط مربوطه را بررسی کنید تا به بهترین نتیجه ممکن برسید. البته در نظر داشته باشید که امکانات نرم افزار فوق فقط مربوط به طراحی پرایمر نمی باشد و حتی می توانید برای طراحی وکتور نیز استفاده شود. در ادامه با ویژگی های این نرم افزار آشنا می شویم.
سلام بچه ها همونطور که میدونین نرم افزار فوق یعنی AlleleID بسیار مطرح و کاربردی هست و از اون برای طراحی پرایمر و پروب استفاده می شود. کاربرد بیشتر از نظر من برای طراحی پروب های TaqMan هست که سعی می کنم در آینده مطلبی برای آشنایی با منو و کلا ویژگی های مختلفش براتون آماده کنم. در ادامه یکسری توضیحات از سایتی که لینک دانلود نرم افزار رو داره با هم میخونیم. البته کرک کردن برنامه یه مقداری سخته پس دقیق قسمت توضیحات رو بخونید. اگه به مشکلی خوردین داخل کامنت ها اعلام کنین تا در حد توانم بهتون کمک کنم.
PREMIER Biosoft AlleleID یک نرم افزار مخصوص آنالیز داده های PCR و تعیین نوع آلل برای انواع آزمایش های ژنتیکی است. این نرم افزار با استفاده از الگوریتم های پیشرفته و مدل های آماری، به کاربران کمک می کند تا با دقت بالا بتوانند نوع ژنتیکی هر نمونه را تشخیص دهند.
این نرم افزار از چندین روش برای تعیین نوع آلل استفاده می کند، از جمله: تعیین نوع آلل با استفاده از نقطه انتهایی مورد علاقه، تعیین نوع آلل با استفاده از طیف گرمایی، تعیین نوع آلل با استفاده از آنالیز ذرات هسته ای، و غیره.
از مزایای این نرم افزار می توان به دقت بالا، قابلیت تعیین نوع آلل در نمونه های با تعداد بالای آمپلیفیکیشن، قابلیت اجرا در سیستم عامل های مختلف، و سهولت کار با آن اشاره کرد.
به زودی تصاویر مربوط به آموزش در همین پست قرار خواهند گرفت. همیشه سعی میکنیم قسمت های مختلف این نرم افزار را بررسی کنیم تا زمانی که هیچ نکته ای باقی نماند.
با اجرای نرم‌افزار BioEdit می‌توانید توالی DNA یا پروتئین مورد نظر را وارد کنید و به صورت گسترده ای با آن کار کنید. در ادامه، نحوه استفاده از BioEdit برای ویرایش و تحلیل توالی‌های DNA و پروتئینی شرح داده شده است:
باز کردن توالی: برای باز کردن یک توالی، از منوی "File" گزینه "Open" را انتخاب کرده و فایل مورد نظر خود را با پسوند .fasta یا .gbk و یا هر یک از پسوندهای مربوط به توالی های دیگر وارد کنید.در کل بایو ادیت از فرمتهای بسیار زیادی نظیر Genbank (*.gbk, *.gen, *.gb, *.gnk) و Fasta (*.fas, *.fst, *.fsa, *.fasta) پشتیبانی میکند.
ویرایش توالی: برای ویرایش توالی، از منوی "Sequence" گزینه "Edit Sequence" را انتخاب کنید. در این قسمت می‌توانید توالی را برش دهید، به آن توالی اضافه کنید و یا تغییرات دیگری اعمال کنید. بعد از اتمام کار بر روی Apply and close کلیک کنید.
تحلیل توالی: BioEdit به شما اجازه می‌دهد تا بررسی‌های مختلفی روی توالی‌های خود انجام دهید. برای مثال، می‌توانید ترجمه توالی، پیدا کردن ناهمگونی ها، محاسبه GC و AT درصد و ... را انجام دهید.
آنالیز ساختارهای ثانویه پروتئین: با استفاده از BioEdit، می توانید ساختارهای ثانویه پروتئین را بررسی کنید، به آنها نمایش دهید و آنها را ویرایش کنید.
ذخیره توالی: برای ذخیره توالی ویرایش شده، از منوی "File" گزینه "Save" یا "Save As" را انتخاب کنید و فرمت مورد نظر خود را انتخاب کنید.
ایجاد گزارش: اگر می‌خواهید گزارشی از تحلیل‌های خود بسازید، می‌توانید از منوی "File" گزینه "Print Report" را انتخاب کنید.
BioEdit یک ویرایشگر نرم‌افزاری برای تحلیل توالی‌های DNA و پروتئینی است. در ادامه نحوه نصب نرم‌افزار BioEdit بر روی ویندوز آموزش داده خواهد شد.
گام اول: دانلود فایل نصب
به منظور دانلود فایل نصب نرم‌افزار BioEdit، به وبسایت رسمی نرم‌افزار BioEdit به نشانی bioedit.software.informer.com مراجعه کنید و بر روی دکمه "دانلود" کلیک کنید.
یا می توانید از وب سایت ژنیک و این آدرس نیز آن را دریافت کنید.
نرم افزار BioEdit یکی از ابزارهای مفید و رایگان در زمینه زیست شناسی مولکولی است که به شما امکان ویرایش، همردیفی، تحلیل و بررسی توالی های DNA و پروتئین را می دهد. در این مقاله قصد داریم به معرفی و نحوه استفاده از این نرم افزار بپردازیم.
نرم افزار BioEdit توسط تام هال، یک دانشجوی فارغ التحصیل علوم زیستی، در سال 1997 نوشته شده است. این نرم افزار با سیستم عامل ویندوز سازگار است و رابط کاربری ساده و کارآمدی دارد. شما می توانید با استفاده از منوها، آیکون ها و کلید های میانبر به راحتی توالی های خود را باز کنید، ویرایش کنید، همردیف کنید، ذخیره کنید یا چاپ کنید.
برخی از قابلیت های نرم افزار BioEdit عبارتند از:
- ویرایش توالی های DNA و پروتئین به صورت گرافیکی یا متنی
- همردیفی توالی ها به صورت دستی یا خودکار با استفاده از الگوریتم های مختلف
- نمایش توالی ها به صورت ماتریس، فضای فاصله، فضای رنگ، فضای دوتایی یا فضای سه بعد
- برش زدن، جابجا کردن، جستجو کردن، جایگزین کردن یا حذف کردن قسمت های خاص از توالی ها
- محاسبه پارامترهای آماری مانند GC%، AT%، طول توالی، تعداد نوکلئوتیدها یا آمینواسیدها
- بررسی نقاط برش آنزیم های مختلف بر روی توالی ها و نمایش نقشه های قطعات حاصل
- طراحی پرایمر ها برای PCR با توجه به مشخصات مورد نظر
- ساخت توالی مکمل چپ به راست چپ به راست چپ به راست چپ به راست چپ به راست چپ به راست چپ به راست چپ به راست چپ به راست
- تبدیل فرمت های مختلف فایل های توالی مانند FASTA، GenBank، EMBL، NEXUS
- اتصال به بانک های اطلاعات زیست شناسی مانند NCBI، EMBL، DDBJ
Rotor gene نام یکی از دستگاه‌های معروف و معتبر برای استفاده در ریل تایم PCR میباشد. با استفاده از این نرم افزار می‌توانید خروجی دستگاه را در هر سیستمی به راحتی مشاهده کنید و به انجام آنالیزهای مختلف نظیر پیدا کردن CT مربوط به ژن بپردازید. این نرم افزار دقیقا مشابه نسخه‌ای میباشد که در سیستم متصل به دستگاه ریل تایم نصب است. تمامی امکانات ممکن را داشته و با خیال راحت می‌توانید به کارهای مربوط به پروژه خود بپردازید. بزودی با آموزش نصب کامل و تنظیمات این برنامه در خدمت شما خواهیم بود.
نرم افزار روتور ژن Rotor gene یکی از بهترین و پرکاربردترین نرم افزارهای برای آنالیز داده‌های ریل تایم PCR است. در این مقاله قصد داریم به معرفی و بررسی این نرم افزار و قابلیت های آن بپردازیم.
روتور ژن Rotor gene چیست؟
روتور ژن Rotor gene نام نرم افزار مخصوص دستگاه ریل تایم PCR مدل Rotor-Gene Q شرکت کیاژن QIAGEN است. این دستگاه با استفاده از سیستم چرخش روتور، توانایی سنجش فلورسانس در طول موج های مختلف را دارد و محدوده نوری گسترده‌ای را پوشش می‌دهد. با استفاده از نرم افزار روتور ژن، می‌توانید خروجی دستگاه را در هر سامانه‌ای به راحتی مشاهده کنید و به آنالیزهای مختلف نظیر تعیین CT، تعقیر منحنی ذوب، تجزیه و تحلیل سطح برون‌داد (output)، تعقیر منحني HRM و ... بپردازید.
🔹در روز پنجشنبه، یک استارت‌آپ بیوتکنولوژی به‌نام "Aera Therapeutics" که توسط دانشمند مشهور «فنگ ژانگ» تأسیس شده است، پس از جمع‌آوری ۱۹۳میلیون‌دلار راه‌اندازی شد.
📣یک مطالعه بین‌المللی ده‌ساله در مورد سرطان کلیه نشان داده‌است که میتوان با مشاهده جهش‌های DNA در تومورهای کلیه، احتمال بازگشت بیماری را پیش‌بینی کرد.
🧬مدت‌هاست این سوال ذهن افراد زیادی را درگیر کرده‌است که وقتی احتمال رویدادهای حذف DNA به طور قابل‌توجهی بیشتر از رویدادهای درج در DNA است، چگونه ژنوم‌های ناخواسته در طی تکامل حذف نمی‌شوند؟
💠به‌تازگی اولین داروی طراحی‌شده توسط هوش مصنوعی مجوز FDA گرفت!
💊 این دارو به کمک هوش مصنوعی به منظور درمان هدفمند بیماری «فیبروز ریوی ایدیوپاتیک (IPF)» طراحی شد و توانست آزمایش‌ها و کار‌آزمایی‌های بالینی را بدون عوارض جدی یا مرگ‌ومیر با موفقیت پشت سر بگذارد؛ البته پیش‌تر هدف موردنظر این دارو نیز توسط هوش مصنوعی شناسایی شده بود.
♦️به‌تازگی دانشمندان خبر از ابداع یک روش بسیار حساس و برگرفته از متدهای طیف‌سنجی جرمی به‌نام "iDEMS" داده‌اند. نتایج تحقیقات حاصل از این روش که برای بررسی تغییرات خاص در DNA پس از همانندسازی استفاده میشود، کاملاً قطعی است و راه‌های جدیدی را برای مطالعات آینده باز میکند.
📣 محققان ابزار جدیدی را جهت پیش‌بینی احتمال قرارگیری موفقیت‌آمیز یک توالی ویرایش‌شده ژنی در DNA معرفی کرده‌اند.
🧬در این مطالعه، محققان ۳۶۰۴ توالی DNA با طول‌های مختلف را طراحی و سپس آنها را در سه رده مختلف سلولی انسانی با سیستم‌های ویرایشگر متفاوت وارد کردند.
با ابتکار جدید دانشمندان، روشی متفاوت از ژن‌درمانی برای اولین‌بار و به‌طور موفق روی یک کودک انجام شد.
🧠 «رایِل»، کودکی است که به‌علت وجود اختلال ژنتیکی نادری، قادر به بلند کردن سر همچنین انجام حرکات معمول کودکان دیگر نبود. این بیماری به‌علت ایجاد جهش در ژن مورد نیاز برای آنزیمی است که به ساخت انتقال‌دهنده‌های عصبی مانند دوپامین و سروتونین کمک میکند.
✍ریزجلبک‌های بسیار کوچک موجود در آکواریوم خانگی می‌توانند کاربردهای مفید متعددی داشته باشند. این نتایج حاصل از تحقیق در University of Tokyo می باشد که به تازگی منتشر شده است.
در حین تجزیه و تحلیل نمونه‌های DNA گرفته‌شده از جلبک، محققان Medakamo hakoo را کشف کردند که توالی DNA آن با هیچ‌یک از موارد ثبت شده مطابقت نداشت. این گونه جدید کوچکترین جلبک سبز آب شیرین شناخته شده است، با ویژگی های ذاتی که آن را قادر می سازد به طور پایدار در تراکم بالا کشت شود، به این معنی که می تواند به طور موثر برای تولید محصولات مفید برای غذا و صنعت استفاده شود.
🔹 تاکنون عوارض زیادی از ابتلای به COVID-19 را شاهد بوده‌ایم اما این‌بار دانشمندان خبر از وجود ویروسی در بافت مغز جنین می‌دهند که عفونت آن از مادران باردار فرزندانشان منتقل میشود.
⏰محققان اولین شواهد را از چرخه‌های ۱۲ساعته فعالیت ژن در مغز انسان ارائه کردند.
با مطالعه مغز بیماران مبتلا به اسکیزوفرنی پس از مرگ، به‌نظر می‌رسد که برخی از این ریتم‌های ۱۲ساعته در مغز آنها وجود ندارد یا تغییر میکند.
🧠مغز یک انسان عادی علاوه‌بر داشتن ریتم شبانه‌روزی (۲۴ساعت) در بیان ژن خود، دارای ریتم‌های ۱۲ساعته در تعدادی از ژن‌ها نیز هست که برای عملکرد سلولی و حفظ نورون‌ها مهم هستند.
نرم افزار روتور ژن یکی از پرکاربرد ترین برنامه های برای برنامه ریزی بر روی دستگاه ریل تایم PCR بوده و همچنین می توانید با این برنامه خروجی دستگاه را به صورت کامل بررسی و آنالیز کنید.
در این بخش آموزش تصویری به صورت عکس قرار داده ایم که کاملا واضح بوده و به راحتی می توانید این برنامه را روی سیستم های شخصی خود اجرا کنید.
این آموزش در آینده کاملتر خواهد شد.
DNA QC (کنترل کیفیت)فرآیند ارزیابی کمیت، خلوص و سالم بودن DNA ژنومی است. ابتدا، هنگامی که DNA از نمونه بیمار (خون یا باکال) استخراج شد، DNA بررسی می شود تا اطمینان حاصل شود که کاملاً بدون آلودگی پروتئین ها یا حلال های آلی استخراج شده است.
DNA الگو را می توان با دستگاه های اسپکتروسکوپی(اسپکتروفتومتر) تعیین کیفیت و خلوص کرد. جذب نوری در 3 طول موج مختلف شامل 230،260،280 مورد بررسی قرار می گیرد. جذب 260 نانومتر مربوط به DNA می باشد. پس هرچه مقدار DNA بیشتر باشد جذب طول موج در 260 نیز بیشتر می باشد.
زمانیکه مقدار جذب در 260 را بر مقدار جذب بر 280 تقسیم کنیم به عددی بین 1.8 تا 2 میرسیم. اگر کمتر از 1.8 باشد نشان دهنده خلوص DNA می باشد. اگر بیشتر از 1.8 باشد نشان دهنده آلودگی فنولی می باشد. اگر 2 یا بیشتر باشد نشان دهنده وجود آلودگی RNA می باشد.
جذب 280 مربوط به پروتئین های دارای آمینواسیدهای شامل حلقه های آروماتیک می باشد.
اگر جذب نور در طول موج 230 باشد نشان دهنده املاح و عناصر غیر حل شونده است.
با ژن‌درمانی قلب‌هایتان را ده‌سال جوان کنید!
🧬محققان جهش ژنی را کشف کرده‌اند که می‌تواند قلب‌های پیر را یک‌دهه جوان کند.
با مطالعه روی قلب صدساله‌های سالم، جهش ژنتیکی خاصی روی ژن "BPIFB4" شناسایی شده که به نظر می‌رسد نقش مهمی در حفظ عملکردهای قلبی-عروقی در سنین بالا دارد.
با سلام. همانطور که میدانید نرم افزار REST 2009 یکی از نرم افزارهای خوب و کاربردی در زمینه تحلیل داده های Real Time PCR می باشد که البته میتوان گفت آموزش خاصی در این زمینه وجود ندارد اما امروز سعی می کنم تا حد امکان آموزش مورد نظر رو قرار بدم تا بتونه کمکی برای دانشجویان عزیز باشد. در تصویر بالا صفحه اصلی و ابتدایی برنامه را مشاهده می کنید. نرم افزار در حالت دیفالت به صورت REST Standard mode بالا می آید که برای تغییر آن به حالت RG mode می توانید از تب mode استفاده کنید. بیشتر توضیحاتی که می گم بر اساس داده هایی است که از نرم افزار Rotor gene بدست آمده است.
نصب نرم افزار رست در اصل کار خاصی نداره اما به یه سری نکات توجه کنید و یه سری پیش نیازها رو لازمه روی سیستم خودتون داشته باشین تا بتونین راحت اونو اجرا کنید.
در مرحله اول باید نرم افزار رو دانلود کنید که می توانید از طریق این لینک کامل ترین نسخه این برنامه را دانلود کنید.
بعد از دانلود فایل را از حالت زیپ خارج کرده و SetupREST2009_2.0.11.exe را اجرا کنید.
بر روی گزینه Next> کلیک کرده تا برنامه نصب شود.
توجه : حتما و حتما .NET Framework را دانلود و نصب کنید تا مشکلی در نصب و اجرای برنامه نداشته باشید.
اگر از ویندوز 64 بیتی استفاده می کنید بهتر است آموزش اجرا برنامه رست بر روی ویندوز 64 بیتی را نیز نگاه کنید.
همانطور که میدانید نرم افزار rest 2009 روی ویندوزهای 64 بیتی اجرا نمی شود. برای رفع این کار باید فایل هایی به سیستم اضافه کرد و بعد از آن کدهای دستوری را وارد نمود که در ادامه مطلب به صورت کامل شرح داده می شود.
IBM SPSS Statistics نرم افزاری قدرتمند برای تحلیل داده های آماری به صورت بسیار گسترده است . این نرم افزار برای تحلیل‌های آماری، مدیریت داده‌ها و مستندسازی داده‌ها استفاده میشود و بیشتر کاربرد آن برای شرکت‌های نقشه برداری، ، سازمان‌های بازاریابی میباشد.
در نرم افزار IBM SPSS Statistics که کاربرد آسان هم دارد باید در اولین قدم داده‌های خام را کرده ، تحلیل موردنظرتان را انتخاب کرده و خروجی دلخواهتان در یک فایل دریافت کنید !
امکانات دیگر این نرم افزار وجود آمارهای دو متغیره ، وجود آمارهای توصیفی ، وجود آمارهای عددی ، جدول بندی و آمارهای توصیفی گردشی و … است . این نرم افزار محصول کمپانی IBM است.
SPSS از جمله نرم‌افزارهایی است که برای تحلیل‌های آماری در علوم اجتماعی، به صورت بسیار گسترده‌ای استفاده میشود. این نرم‌افزار توسط پژوهشگران بازار و داد و ستد، پژوهشگران سلامتی، شرکت‌های نقشه برداری، دولتی، پژوهشگران آموزشی، سازمان‌های بازاریابی و … به کار می رود.
افزون بر تحلیل‌های آماری، مدیریت داده‌ها و مستندسازی داده‌ها نیز از ویژگی‌های نرم‌افزار هستند.
با سلام این نرم افزار Minitab مثل spss هست و برای کارهای آماری استفاده میشه، به شخصه استفاده ای نکردم ازش ولی بنظر نرم افزار معروف و کاربردی میاد در ادامه توضیحات و ویژگی های این برنامه رو مرور می کنیم.
Minitab یک نرم افزار کنترل کیفیت آماری و مناسب برای پروژه های Six Sigma و بهبود کیفیت می باشد. این نرم افزار به عنوان یکی از نرم افزارهای تخصصی آمار برای کنترل کیفیت، کار بر روی اعداد و تجزیه و تحلیل داده های خام شناخته شده است و در بسیاری از واحد های صنعتی بزرگ و کوچک مورد استفاده قرار می گیرد.
به وسیله آن می توان با تجزیه و تحلیل داده های آماری به طراحی آزمایشات پرداخت. همچنین انجام برخی عملیات ها مانند تولید اعداد تصادفی که از توزیع های آماری خاصی مانند توزیع نرمال، کی دو، گاما، اف، برنولی، پواسن، بتا، وایبل و … پیروی می کنند، پرداخت.
در واقع نرم افزار Minitab (مینی تب) یکی از نرم افزارهای مطرح آماری میباشد که در برخی زمینه های علم آمار، از جمله کاربرد آمار در صنعت و اقتصاد از قابلیت های خاصی برخوردار میباشد. تحلیل های سری زمانی با گستردگی و دقت بیشتری در این نرم افزار ارائه شده است.
با سلام. در این مطلب به نحوه طراحی یا بهتر بگم دریافت پرایمر های مربوط به ژن مورد نظر با استفاده از پایگاه داده Ncbi می پردازیم. همانطور که میدانید پایگاه داده ی Ncbi دارای بخش های بسیار زیادی می باشد که مطمئنن یکی از مهمترین بخش های آن بخش پرایمر بلست (Primer blast) می باشد که از اینجا قابل دسترسی می باشد. هرچند از منوی اول سایت و گزینه بلست نیز می توانید به مجموعه ابزارهای Blast دسترسی پیدا کنید. در پست های قبل نحوه دریافت توالی ژن رو به صورت کامل بهتون آموزش دادم که می تونید از اینجا به پست مربوطه رفته و آن را در صورت نیاز مطالعه کنید. در مرحله اول لازم است شما توالی خود را وارد کنید.
سلام. خب فک کنم کمتر اسم نرم افزار پرل پرایمر PerlPrimer به گوشتون خورده باشه اما باید بگم یکی از بهترین نرم افزارها که میتونین باهاش برای ریل تایم PCR پرایمر طراحی کنین همین برنامه هست. کلا بیشتر به درد طراحی پرایمر برای PCR استاندارد و ریل تایم میخوره و به خوبی هم مشخصات و آنالیزهای پرایمر رو در اختیارتون میزاره. آموزشش زیاد سخت نیست و تو هفته آینده داخل یه پست جامع کل نکاتشو براتون مینویسم. برنامه کم حجمیه و به راحتی هم روی اکثر سیستم عامل ها اجرا می شود. یه سری ایرادات داره که نتونستم حلش کنم مثلا پرایمر بلست مستقیما از روی نرم افزار روی ویندوز 11 ارور میده که هنوز نتونستم روش حلشو پیدا کنم.
الیگو 7 بدون شک یکی از مفیدترین و بهترین برنامه ها در زمینه طراحی پرایمر و پروب برای آزمایشات مختلف می باشد. در این برنامه شما به انبوهی از امکانات دسترسی پیدا خواهید کرد که با استفاده از آن می توانید بخش عمده ای از نیازهای مربوط به طراحی و ویرایش پرایمرها داشته باشید. آموزش فعلی بر پایه ورژن 7.6 آماده شده که می توانید از اینجا دانلود کنید. در پست های قبل نحوه دریافت توالی از NCBI را آموزش دادیم که می توانید به صورت کامل با روش کار آشنا شوید. در این مطلب با این موضوع آشنا می شویم که چگونه توالی را در برنامه الیگو وارد کنیم.
دانلود نرم افزار حل مسائل مربوط به آمار و گراف های علمی – GraphPad Prism 9.4.1.681 x64
GraphPad Prism بدون شک یکی از بهترین نرم افزارهای موجود برای تجزیه و تحلیل و همچنین رسم گراف های بسیار زیبا و دقیق برای داده های مختلف می باشد. پیشنهاد می کنم اگه برای پایان نامه میخواین نمودار رسم کنین این کارو با گرافپد پریسم انجام بدید.
GraphPad Prism ابزار قدرتمندی است که می توان از آن در مسائل اساسی آماری، نمودارهای مناسب و گراف های علمی استفاده نمود. Prism همه ی آن چه که شما از یک برنامه ی گرافیکی علمی حرفه ای انتظار دارید، در اختیار شما قرار می دهد، اما چیزی که باعث منحصر به فرد بودن این نرم افزار می شود فقط کاری که انجام می دهد نیست، بلکه نحوه ی انجام این کار سبب خاص بودن این نرم افزار شده است. این محصول نه تنها برای آمارگران بلکه برای تمام دانشمندان اهل عمل طراحی شده است.
Prism به شما در زمینه ی آنالیز مسائل راهنمایی و کمک های بسیاری می کند و زمینه ی کاری شما را به نحو احسنت سازماندهی می کند. به راحتی می توانید بر روی داده هایتان تمرکز کنید و هیچ مشکلی با نرم افزارتان نداشته باشید. رگرسیون های غیر خطی یکی از ابزارهای مهم در زمینه ی آنالیز داده محسوب می شوند و اغلب نسبت به آن چه که باید باشند سخت تر هستند. هیچ نرم افزار دیگری در مقایسه با سادگی در مورد نمودارها مانند Prism عمل نمی کند در حقیقت شما تنها در چند مرحله می توانید نمودارهای مناسب را طراحی کنید. شما به عنوان کاربر کافی است یک معادله را از لیست معادله های عمومی انتخاب کنید و بقبه را به Prism بسپارید، رسم نمودار، نمایش نتیجه به صورت جدول و …شما نیاز به تکرار دستورات برای هر موقعیت آزمایشی نخواهید داشت. یکی دیگر از نرم افزارهای بسیار مهم و کاربردی که می توانید از آن استفاده کنید SPSS می باشد.
در این پست قصد داریم تا نحوه دریافت توالی های مربوط به ژن را در پایگاه داده NCBI برای شما به صورت کامل شرح دهیم. در صفحه اول این پایگاه داده گزینه های مختلفی دیده می شود که در آینده به صورت کامل آن ها را شرح خواهیم داد.
در صفحه اول سایت در کادر جستجو اسم ژن خود را وارد کرده و دیتابیس را بر روی All database قرار دهید ( برای دفعه اول و برای توضیحات).