دانلود نرم افزارهای زیستی نرم افزار REST 2009

دانلود REST 2009 | نرم افزار آنالیز داده های ریل تایم

Item: دانلود REST 2009 | نرم افزار آنالیز داده های ریل تایم
Rating: 5
Author: احسان

احسان
دوشنبه 23 مهر 1403
2265 بازدید
0 نظر

دانلود REST 2009 | نرم افزار آنالیز داده های ریل تایم

نرم افزار REST 2009 بدون شک یکی از آسان ترین و مناسب ترین برنامه های ممکن برای آنالیز داده های ریل تایم PCR می باشد که توسط M. Pfaffl از دانشگاه فنی مونیخ و شرکت QIAGEN توسعه یافته، که به ما این امکان را می دهد تا به راحتی و با داشتن مقادیر Ct مربوط به نمونه های بیمار و سالم به جواب مناسب یا همان Fold change برسیم. نرم افزار رست 2009 به صورت کامل جدولی ارائه داده که در آن شما سطح معنی داری و همچنین میزان بیان ژن مورد نظر نسبت به ژن خانه دار را مشاهده می کنید. نمودارهای موجود در این برنامه بدون شک نقطه ضعف آن به حساب آمده در نتیجه برای رسم این نمودارها بهتر است از برنامه های GraphPad Prism یا Spss استفاده کنید. شما همچنین می توانید در صورتی که با نحوه کار این نرم افزار آشنایی ندارید به مطلب آموزش کامل استفاده از برنامه رست REST 2009 مراجعه کرده و از آن استفاده کنید. در ادامه مطلب برای مشاهده جزئیات بیشتر و نرم افزار REST 2009 همراه ژنیک | مرجع دانلود نرم افزار بیوانفورماتیک Geneq.ir باشید.

ویژگی های کلی نرم‌افزار REST 2009

برای تحلیل بیان ژن‌ها با استفاده از داده‌های ریل تایم PCR از دستگاه‌های Rotor-Gene Q و سایر دستگاه‌های مشابه

تخمین افزایش و کاهش بیان ژن‌ها در مطالعات بیان ژنی

تحلیل با استفاده از تکنیک‌های تصادفی‌سازی و بوت‌استرپینگ

خروجی نموداری داده‌ها از طریق نمودارهای جعبه‌ای و خطی

مزایای نرم افزار رست (REST 2009) برای آنالیز داده های ریل تایم

نرم افزار REST یک نرم افزار کامل برای آنالیز داده های ریل تایم و محاسبه افزایش و یا کاهش بیان ژن ها در ریل تایم می باشد. استفاده از این نرم افزار بسیار ساده بوده و کلیه محاسبات به صورت خودکار انجام می پذیرد.

جهت انجام آنالیز داده های ریل تایم توسط نرم افزار REST کافی است که در این نرم افزار تنها داده های Ct و Cp را وارد نمایید تا نرم افزار میزان Fold change و سطح معنی داری (P-Value) را محاسبه و ارائه دهد.

علاوه بر این نرم افزار REST به صورت خودکار کارایی پرایمرها را در ریل تایم محاسبه (این روش نیازمند وارد نمودن داده های ریل تایم برای سری رقت های متوالی می باشد) و نتایج Fold change را بر اساس کارایی PCR ارائه خواهد داد.

با استفاده از نرم افزار REST می توان انواع داده های از دستگاه های مختلف ریل تایم را مورد بررسی قرار داد و علاوه بر تعیین میزان تغییرات بیانی ژن ها، می توان سطح معنی داری تغییر ژن ها را نیز بوسیله آزمون های آماری بررسی نمود.

آنالیز اختلاف بیان چند ژن به صورت همزمان نیز از دیگر ویژگی های بسیار مهم این نرم افزار می باشد

معایب نرم افزار رست (REST 2009) در آنالیز داده های ریل تایم

محدودیت در مقایسه گروه‌ها: نرم‌ افزار رست 2009 تنها توان مقایسه بیان ژن بین دو گروه را دارد. برای تحلیل بیش از دو گروه باید از روش‌های دیگر مانند ANOVA یا آزمون‌های غیرپارامتریک استفاده کنید که در این نرم‌افزار موجود نیست و شما را وادار به استفاده از سایر نرم افزارها می کند..

محدودیت در وارد کردن داده‌ها: در هر گروه نمی‌توان بیش از 100 نمونه وارد کرد.

نبود نمودارهای مناسب: نرم‌افزار نمودارهای با کیفیتی برای نمایش تغییرات بیان ژن ارائه نمی‌دهد، که نیاز به استفاده از نرم‌افزارهای جانبی مانند GraphPad Prism برای رسم نمودارهای حرفه‌ای دارد.

با وجود معایب فوق باز نمی توان از ویژگی های مثبت این نرم افزار به خصوص راحتی استفاده چشم پوشی نمود. برای حل معایب فوق نیز می توان از نرم افزارهای گرافپد پریزم و یا نرم افزار IBM SPSS Statistics استفاده نمود. با استفاده از نرم افزار گرافپد می توان نمودارهای بسیار مناسب برای مقالات ترسیم نمود و آنالیزهای آماری مناسب را برای بررسی تغییر بیان ژن ها انجام داد. اگر در نصب نرم افزار رست 2009 نیز دچار مشکل هستید می توانید به مطلب آموزش نصب نرم افزار رست REST 2009 رجوع کنید.

REST 2009 Software is a standalone software tool, developed by M. Pfaffl (Technical University Munich) and QIAGEN, for analysis of gene expression data from quantitative real-time PCR experiments. Click the "Resources" tab to download REST 2009 Software free of charge.

REST 2009 Software

For gene expression analysis using real-time PCR data from the Rotor-Gene Q and other cyclers
Estimates up and down regulation for gene expression studies
Analysis using randomization and bootstrapping techniques
Graphical data output via whisker-box plots

Principle

REST 2009 Software applies a mathematic model that takes into account the different PCR efficiencies of the gene of interest and reference genes. Compared to using a single reference gene, using multiple reference genes for normalization can improve the reliability of results.

Traditional relative quantitation enables estimation of gene expression. However, this method does not provide statistical information that is suitable for comparing expression in groups of treated and untreated samples in a robust manner. The integrated randomization and bootstrapping methods used in REST 2009 Software test the statistical significance of calculated expression ratios and can be used even when the data includes outliers. REST 2009 Software provides additional features for convenient and robust data analysis (see table "Convenient and robust data analysis").

onvenient and robust data analysis

Feature
REST RG mode: An optional input method allows users to copy and paste results from a Rotor-Gene Q comparative quantitation analysis rather than importing standard curve and CT results.
Whisker-box plots export: Expression variation for each gene is visualized in a whisker-box plot to highlight potential issues, such as a distribution skew. Whisker-box plots are exported by right-clicking the graph.
Improved randomization: Randomization algorithms have been improved for better confidence intervals and more accurate p values.
Handling of standard curve variation: Improvements have been made to the calculation of confidence intervals and p values. Efficiency is determined using the best fit for the standard curve and is used in the randomization process.

Applications: REST 2009 Software is suitable for gene expression analysis using real-time PCR data from the Rotor-Gene Q and other cyclers.