آموزش کامل استفاده از برنامه رست REST 2009 | مقدماتی
نرم افزار REST 2009 یکی از نرم افزارهای خوب و کاربردی در زمینه تحلیل داده های Real Time PCR می باشد که بسیاری از دانشجویان ژنتیک به خصوص آن هایی که در زمینه بیان ژن کار می کنند از آن استفاده می کنند. البته میتوان گفت آموزش خاصی چه ویدیویی و چه متنی در این زمینه وجود ندارد اما امروز سعی می کنم تا حد امکان آموزش مورد نظر رو قرار بدم تا بتونه کمکی برای دانشجویان عزیز ژنتیک باشد. در تصویر بالا صفحه اصلی و ابتدایی برنامه را مشاهده می کنید. نرم افزار در حالت دیفالت به صورت REST Standard mode بالا می آید که برای تغییر آن به حالت RG mode می توانید از تب mode استفاده کنید. بیشتر توضیحاتی که بیان می کنم بر اساس داده هایی است که از نرم افزار Rotor gene بعد از انجام ریل تایم PCR بدست آمده است.
تب Gene setup را انتخاب کنید. بر روی گزینه Add زده و نام ژن مورد نظر را وارد کنید. حال می بینید بخش Value آزاد شده و می توانید تغییراتی در آن دهید. اگر ژن مورد نظر شما ژن رفرنس می باشد تیک گزینه رفرنس را بزنید.
در مرحله بعد reaction efficiency را باید وارد کنید. دو تا راه دارین یا بر اساس مقالات و پایانامه های مشابه قدیم که اینو حساب کردن بزارینش یا از خود برنامه با گزینه Use Calculated Reaction Efficiency بخواین براتون حساب کنه که در این حالت باید CP و concentrations رو وارد کنید. اگه چیزی وارد نکنید خود برنامه مقدار 2 را در نظر می گیرد.
اجرای یک منحنی استاندارد برای هر اجرا ضروری نیست. با این حال، نرم افزار REST 2009 تفاوت ها را در بازده واکنش محاسبه و استفاده می کند و بنابراین، کارایی واکنش باید برای هر ژن در دسترس باشد.
حالا که از این مرحله تمام شده اید وارد تب Gene data شوید. میبینید که نام ژن ها در دو قسمت شامل کنترل ها و نمونه ها وارد شده و باید CT های مربوط به ژن های خود را در آن وارد کنید.
بر روی تب results بزنید تا جدول ها و قسمت های مختلف آن را ببینید. در ابتدا تعداد تصادفی سازی ها یا iterations را می بینید که می توانید با ورود به File/option آن را تغییر دهید.
در قسمت زیرین هم جدول ها و قسمت های دیگه رو می بینید که سعی می کنم در آینده توی همین پست تحلیل ساده و کاربردی آن ها را قرار بدم.
تب های بعدی هم شامل نمودارها (البته نمودارها جالب نیست بهتر هست برای رسم از نرم افزار گرافپد پریسم استفاده کنیم) و قسمت نوت می باشد.
می دونم اصلا آموزش خوبی نیست ولی خب اگه مشکلی دارین تو قسمت کامنت ها بنویسین تا با کمک هم مشکل رو حل کنیم. راستش من خودم برای آنالیز داده های ریل تایم از همین برنامه استفاده کردم چون یه خوبی داره نمیخواد برین داده ها رو توی برنامه SPSS نرمال سازی کنین ( البته اگه انجام بدین خیلی بهتره ). حالت RG mode رو خودم شخصا استفاده نکردم ولی اگه خیلی نیاز دارین اعلام کنین تا اونم یه جوری از طریق آموزش های خارجی حل کنم.
انشاالله بتونم یه آموزش ویدیویی تمیز براتون آماده کنم.
امیدوارم موفق باشین تا مطلب بعدی خدانگهدار.
5 امتیاز توسط 1 نفر ثبت شده.
مطالب مرتبط
- سه شنبه 05 اردیبهشت 1402
- 363 بازدید
- جمعه 07 بهمن 1401
- 665 بازدید
- پنجشنبه 17 آذر 1401
- 581 بازدید
- پنجشنبه 17 آذر 1401
- 941 بازدید
- جمعه 25 شهریور 1401
- 289 بازدید
- شنبه 19 شهریور 1401
- 357 بازدید
1 دیدگاه
ثبت دیدگاه
منتظر نظرات شما در مورد این پست هستیم :)
