نرم افزار PAUP* که آخرین نسخه آن 4 نسخه بتا 6 است یک بسته کامل و جامع نرم افزاری برای استنتاج و بررسی درخت های تکاملی است که برای اکثر سیستم عامل ها مثل ویندوز و مکینتاش و حتی داس قابل استفاده می باشد. برنامه PAUP با تحلیل داده‌های مولکولی، مورفولوژیکی و رفتاری به استنتاج روابط فیلوژنتیکی می‌پردازد و کاربردهای آن فراتر از زیست‌شناسی تکاملی به حوزه‌هایی مانند زیست‌شناسی حفاظتی، بوم‌شناسی و مطالعات جنایی گسترش یافته است. نسخه‌های قبلی برنامه PAUP، که مخفف "تحلیل فیلوژنتیک با استفاده از پارسیمونی" (Phylogenetic Analysis Using Parsimony) است، به دلیل موفقیت و محبوبیت بالا، به پرکاربردترین ابزار برای استنتاج درخت‌های تکاملی تبدیل شده‌اند. راهنمای PAUP نیز همواره به عنوان منبعی جامع برای پژوهشگران مبتدی و مرجعی مهم برای کارشناسان در این حوزه شناخته می‌شود. در ادامه مطلب برای مشاهده جزئیات بیشتر و دانلود نرم افزار DNAMAN | تحلیل توالی های زیستی، همراه ژنیک | مرجع دانلود نرم افزار بیوانفورماتیک Geneq.ir باشید.
نسخه جدید PAUP* ویژگی‌های پیشرفته‌ای مانند روش‌های حداکثر احتمال، روش‌های فاصله‌ای و بهبود در سرعت الگوریتم شاخه و کران را ارائه می‌دهد. امکانات جدید این نسخه شامل زیر درخت‌های توافقی، آزمون‌های ترکیب‌پذیری داده‌ها و آزمون‌های جایگشت برای عدم تصادفی بودن داده‌ها هستند که آن را به ابزاری ضروری در تحلیل‌های زیست‌شناسی تطبیقی تبدیل کرده‌اند.
PAUP* و MacClade 3 از یک فرمت فایل داده مشترک (NEXUS) استفاده می‌کنند که تبادل داده بین این دو برنامه را آسان می‌کند.
توجه: این پست صرفا جنبه آشنایی و معرفی داشته و چون کاربرد نرم افزار سادست توضیح اضافه ای براش ارائه نشده است.
* مهم *
اگه نیاز به خود نرم افزار دارین اعلام کنین تا براتون لینکشو قرار بدم.
درخت تکاملیتحلیل فیلوژنتیکزیست‌شناسی تطبیقیزیست‌شناسی حفاظتیMacClade 3الگوریتم شاخه و کرانروش حداکثر احتمالروش فاصله‌ای
