امروز : چهارشنبه 05 مهر 1402
همیشه جهش، پشت ژن پنهان نمی‌مونه
🔬دانشمندان روش جدیدی کشف کردند که می‌تواند سویه‌های مرتبط با اختلالات ژنتیکی را با موفقیت ردیابی
کند.
🔹در روش قبلی دانشمندان پس از بروز علائم بالینی بیمار، بابررسی ژنوم او به دنبال یافتن توضیحی برای آن اختلالات بودند. این روش محققان را محدود می‌کرد چرا که بررسی‌های آنان بر اساس شناختشان از بیماری بود.
🔺اما در روش جدید پژوهشگران، ارتباط بین ژنوتیپ و اختلالات بالینی را می‌سنجند. مثلاً در این مطالعه بدان پی بردند که کسانی که بیش از دو تکرار ژن TPSAB1 را داشته باشند احتمالاً علائمی در بافت پیوندی، گوارشی و عصبی نشان می‌دهند.
🧬انجام چنین پژوهش‌هایی نه‌تنها نقش ژنتیک در مسائل مختلف را نشان می‌دهد بلکه به ما راه‌های پیشگیری و تشخیص زودهنگام را نیز نشان می‌دهد.
✍🏻 سامان روزبه
📥 منبع:
genome
دانلود نرم افزار VMD برای تحلیل ساختارهای مولکولی: دانلود رایگان و پشتیبانی از فرمت های مختلف
VMD یک نرم افزار مجازی سازی مولکولی است که برای تجزیه و تحلیل ساختارهای مولکولی و دینامیک سیستم های بیومولکولی مانند پروتئین ها، اسیدهای نوکلئیک و لیپیدها استفاده می شود. این نرم افزار قابلیت پردازش و نمایش ساختارهای مولکولی با ابعاد وسیع را داراست و محیطی کاربری گرافیکی دارد که به کاربر امکان نمایش سه بعدی ساختار مولکولی را می دهد. همچنین VMD ابزارهای متعددی برای تحلیل و پردازش داده های سیستم های بیومولکولی را فراهم می کند. این نرم افزار برای پژوهشگران و دانشجویانی که در زمینه بیوفیزیک و شیمی بیولوژیکی فعالیت می کنند بسیار مفید است.
دانلود نرم افزار 1.4 FinchTV برای تحلیل و بررسی توالی‌های DNA و RNA
نرم افزار FinchTV یک نرم افزار رایگان و قدرتمند برای تحلیل و بررسی توالی‌های DNA و RNA است. با استفاده از این نرم افزار، کاربران می‌توانند توالی‌های DNA و RNA خود را بصورت مستقیم و با استفاده از دستگاه‌های Sanger sequencing تحلیل کنند.
FinchTV قابلیت‌های مختلفی را در اختیار کاربران خود قرار می‌دهد، از جمله امکان مشاهده توالی‌ها در قالب نمودار، تشخیص و برچسب‌گذاری برای قرار دادن نقاط برجسته و تغییرات در توالی‌ها، ترجمه توالی‌های RNA به پروتئین، نمایش و بررسی فایل‌های توالی در قالب‌های مختلف و بسیاری از ویژگی‌های دیگر.
با توجه به ویژگی‌های FinchTV، این نرم افزار برای محققان، دانشجویان و همه علاقه‌مندان به زیست‌شناسی و ژنتیک مولکولی بسیار مناسب است.
دانلود نرم افزار 2.1 Clustal X برای تحلیل توالی‌های ژنتیکی
نرم‌افزار Clustal X یکی از ابزارهای بسیار معروف برای تحلیل توالی‌های ژنتیکی است. این نرم‌افزار برای تحلیل توالی‌های DNA و RNA و همچنین تحلیل توالی‌های پروتئینی قابل استفاده است.
از قابلیت‌های این نرم‌افزار می‌توان به تطبیق توالی‌های چندین نمونه، ارزیابی تطابق توالی‌ها، انجام محاسبات فیلوژنتیکی برای بررسی روابط فامیلی بین توالی‌ها و ایجاد درخت فیلوژنتیک اشاره کرد.
Clustal X قادر است فرمت‌های مختلف توالی‌های ژنتیکی و پروتئینی را پشتیبانی کند، به طوری که کاربر می‌تواند فایل‌های FASTA، MSF و Clustal برای ورودی به نرم‌افزار استفاده کند.
Galaxy یک پلتفرم متن باز و آزاد برای انجام تحقیقات در علوم زیستی است. در اینجا نحوه عضویت و دانلود نرم افزار Galaxy را توضیح می‌دهیم:
بازدید از وب سایت Galaxy: ابتدا باید به وب سایت Galaxy به آدرس https://galaxyproject.org/ بروید.
عضویت در Galaxy: برای استفاده از Galaxy باید در سایت ثبت نام کنید. برای این منظور روی گزینه "Login or Register" کلیک کنید و سپس گزینه "Register" را انتخاب کنید. پس از اینکه فرم عضویت باز شد، اطلاعات مربوط به شما را وارد کنید و بر روی دکمه "Register" کلیک کنید.
دانلود نرم افزار Galaxy: پس از عضویت و ورود به حساب کاربری خود، باید به قسمت "Get Galaxy" در منوی اصلی رفته و نسخه مناسب برای سیستم عامل خود را انتخاب کنید. سپس دکمه "Download" را برای شروع دانلود فایل نرم افزار فشار دهید.
نصب نرم افزار Galaxy: پس از دانلود فایل نرم افزار، باید آن را در سیستم عامل خود نصب کنید. برای نصب نرم افزار Galaxy، فایل دانلود شده را با دوبار کلیک بر روی آن اجرا کنید. سپس روی دکمه "Install" کلیک کنید و منتظر بمانید تا نرم افزار نصب شود.
شروع به کار با Galaxy: پس از نصب نرم افزار، بر روی آیکون Galaxy در دسکتاپ یا برنامه ها کلیک کنید. سپس از طریق وب بروزر خود به Galaxy متصل شوید و با استفاده از امکانات آن، تحقیقات خود را آغاز کنید.
در صوردت بروز هرگونه مشکل در کامنت ها اعلام کنید تا به راهنمایی شما بپردازیم.
نرم‌افزار GALAXY یکی از نرم‌افزارهای مورد استفاده در زمینه بیوانفورماتیک (Bioinformatics) است. این نرم‌افزار برای تحلیل داده‌های ژنتیکی و گیاهی، توالی DNA و RNA، ساختار پروتئین‌ها و تصاویر سه بعدی آنها استفاده می‌شود. GALAXY یک محیط کاربری وب مبتنی بر مرورگر است و توسط مؤسسه گالاکسی بیوانفورماتیک (Galaxy Project) توسعه داده شده است.
از مزایای استفاده از GALAXY می‌توان به سهولت در تحلیل داده‌های بزرگ و پیچیده، قابلیت اجرای گستره الگوریتم‌ها و ارتباط آسان با سایر نرم‌افزارهای بیوانفورماتیک اشاره کرد. این نرم‌افزار رایگان و متن باز بوده و می‌توانید آن را از وبسایت رسمی آن به آدرس galaxyproject.org دریافت کنید. در ادامه می توانید ویژگی های کلیدی این نرم افزار را در سایت ژنیک مشاهده کنید. برای مشاهده نحوه عضویت و دانلود این برنامه از سایت اصلی به این پست مراجعه کنید.
📍دانشمندان به تازگی آزمایش ادراری را کشف کردند که می‌تواند سرطان مثانه را، دوازده‌سال پیش از بروز علائم پیش‌بینی کند.
🔹دراین آزمایش ادرار، وجود قطعات DNAای که حاوی ده جهش کلیدی باشد، می‌تواند نشانه اولیه سرطان مثانه باشد.
🔹این تکنیک urinary comprehensive genomic profiling (uCGP) نام دارد. دراین روش با استفاده از ابزاری به نام "UroAmp"، توالی های DNA را در ادرار کپی می کند تا بررسی آن راحت‌تر شود.
🔹مانند سایر آزمایش‌های سرطان، این آزمایش بر روی افراد مبتلا برای بررسی عود یا پاسخ به درمان کارا است. اگر این آزمایش عملکرد مناسبی را نشان دهد، ممکن است برای غربالگری استفاده شود.
✍🏻 سامان روزبه
📥 منبع:
dnascience
با سلام خدمت همه دوستان علاقه مند به زیست شناسی مولکولی و بیوانفورماتیک. در این پست قصد دارم به شما آموزش نصب نرم افزار Gene Codes Sequencher را بدهم. این نرم افزار یکی از قدرتمندترین و پرکاربردترین نرم افزارهای سنجش و آنالیز ساختار دی ان ای و آر ان ای است که با استفاده از آن می توانید هر گونه عملیاتی مانند بازسازی ساختار دی ان ای، تجزیه و تحلیل سانگر، آنالیز SNP، نقشه برداری و ارزش بندی ساختار ها، تشخیص و تجزیه و تحلیل الگوریتم های توالی نسل بعدی (NGS) و کانتیگ ژن را به راحتی توسط این نرم افزار به انجام برسانید. همچنین این نرم افزار مجموعه Cufflinks را برای تجزیه و تحلیل عمق مترانسکریپتوم و بیان ژن های مختلف در داده های RNA-Seq یکپارچه کرده است. در ادامه به مراحل نصب و فعال سازی این نرم افزار می پردازم.
نرم افزار Vector NTI یکی از پرکاربردترین و قدرتمندترین نرم افزارهای زیست شناسی مولکولی است که برای طراحی، تحلیل و مدیریت توالی های DNA و پروتئین استفاده می شود. این نرم افزار با داشتن امکانات گوناگون و رابط کاربری ساده و کارآمد، می تواند به زیست شناسان مولکولی در انجام پروژه های مختلف کمک کند. در این پست قصد داریم به معرفی برخی از قابلیت های این نرم افزار بپردازیم و نحوه دانلود و نصب آن را برای شما توضیح دهیم.
## قابلیت های نرم افزار Vector NTI
- طراحی پرایمر های کلونینگ و PCR: با استفاده از این نرم افزار می توانید پرایمر های مناسب برای کلونینگ ژن ها یا PCR را طراحی کنید. نرم افزار به صورت خودکار سایت های برش را به پرایمر ها اضافه می کند و مشخصات آنها را نشان می دهد. همچنین می توانید پارامترهای مختلف مانند Tm، GC%، طول، همبستگی و ... را برای پرایمر ها تعیین کنید.
- شبیه سازی کلونینگ: با استفاده از این نرم افزار می توانید فرآیند کلونینگ را به صورت گام به گام شبیه سازی کنید. نرم افزار به شما اجازه می دهد که ژن مورد نظر خود را در وکتور مناسب قرار دهید و نتایج را به صورت گرافیکی و توالی ببینید. همچنین می توانید برسی کنید که ژن شما در وکتور Inframe است یا خیر.
- جستجو در وکتور های ساخت شرکت Invitrogen: با استفاده از این نرم افزار می توانید در بانک داده های وکتور های ساخت شده توسط شرکت Invitrogen جستجو کنید. نرم افزار به شما اجازه می دهد که براساس ویژگی های تخصصی وکتور ها مانند حامل، سطح بروز، سلول مقصد، سایت های برش، نشانگرها، پروموتورها و ... جستجو کنید.
نرم افزار Gene Codes Sequencher شاید زیاد در داخل ایران شناخته شده نباشد و افراد کمی از آن استفاده کنند اما این برنامه بسیار کاربردی در زمینه های NGS ، آنالیز SANGER DNA ، آنالیز SNP و بسیاری کاربردهای دیگر نظیر کاربردهای آنالیز ژن نیز می باشد. برای استفاده از این برنامه باید از کرک یا فعال ساز آن استفاده کنید که در ادامه با توضیحات کامل آن با شما خواهیم بود. اگر مشکل خاصی برخوردید در کامنت ها اعلام کنید.
نرم‌افزار Gene Codes Sequencher یکی از نرم‌افزارهای قدرتمند و پرکاربرد در تحلیل و تفسیر داده‌های سیکوئنسینگ است. این نرم‌افزار با دارا بودن امکاناتی نظیر انجام مواردی از جمله ترکیب، تفسیر و تحلیل داده‌های سیکوئنسینگ، تشخیص خودکار هموئولوگ‌ها، نمایش گرافیکی و پیش‌بینی ساختارهای سه‌بعدی پروتئین، تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی و موارد دیگر، برای پژوهشگران و دانشجویان علوم زیستی و پزشکی بسیار مفید است.
Gene Codes Sequencher با دارا بودن یک رابط کاربری کارآمد و ساده و نیز پشتیبانی از فرمت‌های مختلف ورودی و خروجی، به کاربران این امکان را می‌دهد تا به سادگی داده‌های سیکوئنسینگ خود را وارد کنند و با استفاده از ابزارهای مختلف این نرم‌افزار، آنها را تحلیل و تفسیر کنند.
همچنین Gene Codes Sequencher دارای امکاناتی نظیر امکانات ویرایش و بازسازی توالی‌های سیکوئنسینگ، تشخیص و حذف هموئولوگ‌ها، تحلیل چند ژن با هم، تحلیل فاصله ژنتیکی و ساختار سه‌بعدی پروتئین و نیز انجام مواردی مانند تشخیص SNP و تعیین پلی‌مورفیسم‌های طولی می‌باشد.
Sequencher نرم افزاری برای سنجش، اعمال تغییرات و آنالیز انواع ساختار های دی ان ای، الگوریتم های توالی نسل بعدی و کانتیگ ژن است. شما قادرید هر گونه عملیاتی مانند بازسازی ساختار دی ان ای، تجزیه و تحلیل سانگر، آنالیز SNP و ... را به راحتی توسط این نرم افزار به انجام برسانید. به علاوه این نرم افزار یکپارچگی کاملی با مجموعه Cufflinks suite دارد که به این ترتیب کاربران می توانند به راحتی تمامی رشته های آر ان ای را تجزیه و تحلیل کنند. همچنین این نرم افزار می تواند از تمامی رشته ها و توالی های دی ان ای و آر ان ای نمایی گرافیکی به همراه جداول و نمودار های جامع ارائه دهد.