برنامه TopHat یک نرم‌افزار سریع برای نقشه‌برداری از محل‌های پیوندهای پیوستگی(Splice Junctions که مرز بین اینترون و اگزون در یک ژن رو میگن) در خوانش‌های RNA-Seq است. نرم افزار TopHat خوانش‌های RNA-Seq را به ژنوم‌های اندازه پستانداران با استفاده از هم‌ترازکننده خوانش کوتاه با توان بالا به نام Bowtie تراز می‌کند و سپس نتایج نقشه‌برداری را برای شناسایی محل‌های پیوندهای پیوستگی بین اگزون‌ها تحلیل می‌کند. برنامه TopHat یک تلاش مشترک بین مرکز بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی دانشگاه مریلند و دپارتمان‌های ریاضیات و زیست‌شناسی مولکولی و سلولی دانشگاه کالیفرنیا، برکلی است. در ادامه مطلب برای مشاهده جزئیات بیشتر و دانلود نرم افزار TopHat | نقشه‌برداری Splice Junctions در داده‌های RNA-Seq، همراه ژنیک | مرجع دانلود نرم افزار بیوانفورماتیک Geneq.ir باشید.
دانلود نرم افزارهای زیستی
دانلود نرم افزار TopHat | نقشه‌برداری Splice Junctions در داده‌های RNA-Seq
ویژگی‌های نرم افزار TopHat شامل موارد زیر است:
- رشته‌های مقدار کیفیت که با "*" شروع یا پایان می‌یابند دیگر به یک مقدار کیفیت "*" در accepted_hits.bam کاهش نمی‌یابند.
- خوانش‌های SOLiD که "!" (یا 0) به عنوان اولین مقدار کیفیت دارند، باعث خطای زمان اجرا می‌شدند که اکنون برطرف شده است.
- closure-search با فشرده‌سازی داخلی فایل سازگار است.
- گزینه max-deletion-length به درستی مدیریت می‌شود.
- گزینه جدید --initial-read-mismatch معرفی شده است که به کاربران اجازه می‌دهد تعداد ناهماهنگی‌های مجاز در نقشه‌برداری اولیه خوانش را مشخص کنند.
- برای خوانش‌های کوتاه (معمولاً کمتر از 45 جفت باز)، توصیه می‌شود که کاربران طول قطعه (--segment-length) را به حدود نصف طول خوانش کاهش دهند و ناهماهنگی‌های قطعه (--segment-mismatches) را به 0 یا 1 تنظیم کنند.
توجه: این پست صرفا جنبه آشنایی و معرفی داشته و چون کاربرد نرم افزار سادست توضیح اضافه ای براش ارائه نشده است.
* مهم *
اگه نیاز به خود نرم افزار دارین اعلام کنین تا براتون لینکشو قرار بدم.
RNA Seqنقشه‌برداری اسپلیسابزارهای بیوانفورماتیکداده‌های خوانش کوتاهنقشه‌برداری ژنوممحل اتصال اسپلیساسپلیسئوزومپیرایش جایگزینژنومیکس
