دمای اتصال پرایمر (Ta) دمایی است که در آن پرایمر به توالی هدف متصل می شود. این دما معمولاً کمی پایین تر از دمای ذوب پرایمر (Tm) است. دمای ذوب پرایمر دمایی است که در آن پرایمر به طور کامل از هم جدا می شود.
دمای اتصال پرایمر برای موفقیت واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) مهم است. اگر دمای اتصال خیلی بالا باشد، پرایمر نمی تواند به توالی هدف متصل شود. اگر دمای اتصال خیلی پایین باشد، پرایمر ممکن است به مکان های اشتباه در توالی هدف متصل شود.
دمای اتصال پرایمر معمولاً با استفاده از فرمول زیر محاسبه می شود:
Ta = Tm - (6 * G + 4 * C)
که در آن:
در این فرمول، Tm دمای ذوب پرایمر است و G و C تعداد بازهای گوانین و سیتوزین در پرایمر هستند.
دمای اتصال پرایمر معمولاً بین 50 تا 60 درجه سانتیگراد است. برای بهینه سازی دمای اتصال پرایمر، می توان از برنامه های نرم افزاری طراحی پرایمر استفاده کرد.
Ta به عوامل مختلفی از جمله محتوای GC پرایمر، توالی پرایمر و دمای محیط بستگی دارد. محتوای GC پرایمر به طور مستقیم با Tm و Ta مرتبط است. پرایمرهای با محتوای GC بالاتر دارای Tm و Ta بالاتری هستند.
توالی پرایمر نیز بر Ta تأثیر می گذارد. پرایمرهای با توالی های مکمل قوی دارای Ta بالاتری هستند.
دمای محیط نیز بر Ta تأثیر می گذارد. Ta با افزایش دما کاهش می یابد.
Ta یک عامل مهم در طراحی پرایمر است. Ta باید به گونه ای انتخاب شود که پرایمر به طور اختصاصی به توالی هدف خود متصل شود.
در اینجا چند نکته برای انتخاب Ta مناسب وجود دارد:
به طور معمول، Ta پرایمرها با استفاده از نرم افزارهای طراحی پرایمر محاسبه می شود.
در اینجا چند مثال از Ta پرایمرها آورده شده است:
عواملی که می توانند بر دمای اتصال پرایمر تأثیر بگذارند عبارتند از:
در اینجا چند نکته برای طراحی پرایمرهای PCR با دمای اتصال مطلوب آورده شده است:
دمای اتصال پرایمر را می توان با استفاده از یک ترموستات کنترل کرد. دمای اتصال پرایمر معمولاً در مرحله annealing واکنش PCR تنظیم می شود.
دمای اتصال پرایمر یک عامل مهم در طراحی پرایمرهای PCR است. با انتخاب دمای اتصال مناسب، می توان اطمینان حاصل کرد که پرایمرها به طور موثر به توالی هدف متصل می شوند و واکنش PCR با موفقیت انجام می شود.
