نرم افزار Gene Runner یکی از ابزارهای مهم برای بیوانفورماتیک است که برای تحلیل داده های ژنتیکی مورد استفاده قرار می‌گیرد. این نرم افزار قابلیت تحلیل و مدیریت توالی های DNA و RNA را دارد و به کاربران امکان می دهد توالی های ژنتیکی را ویرایش، ترجمه، تغییر شکل دادن و به همراه گزارشات جامع و توضیحاتی نمایش دهند. از ویژگی های دیگر این نرم افزار می‌توان به محاسبه پروتئین ها، بررسی انتیمیکروبیالیته و تشخیص ساختار دوم پروتئین ها اشاره کرد.

با استفاده از Gene Runner می‌توانید توالی های ژنتیکی خود را با توالی های موجود در پایگاه داده های ژنتیکی مقایسه کنید و به دنبال ژن های مشابه در سایر ارگانیسم ها بگردید. همچنین با این نرم افزار می‌توانید برای بررسی روند تکاملی ژنوم و تحلیل مشخصه های فنوتیپی از ابزارهای قدرتمند مانند ابزار های PCR، بررسی برش های رستریکشن و طراحی پرایمر استفاده کنید.

Gene Runner دارای واسط کاربری کاربر پسند است و کاربران می‌توانند به راحتی توالی های DNA و RNA خود را وارد کرده و با استفاده از ابزارهای مختلف آن را تحلیل و ویرایش کنند. همچنین نرم افزار قابلیت اتصال به اینترنت دارد که به کاربران امکان دسترسی به پایگاه داده های ژنتیکی مختلف را می دهد.