دانلود نرم افزار طراحی پرایمرهای ریل تایم PerlPrimer v1.1.21
سلام. خب فک کنم کمتر اسم نرم افزار پرل پرایمر PerlPrimer به گوشتون خورده باشه اما باید بگم یکی از بهترین نرم افزارها که میتونین باهاش برای ریل تایم PCR پرایمر طراحی کنین همین برنامه هست. کلا بیشتر به درد طراحی پرایمر برای PCR استاندارد و ریل تایم میخوره و به خوبی هم مشخصات و آنالیزهای پرایمر رو در اختیارتون میزاره. آموزشش زیاد سخت نیست و تو هفته آینده داخل یه پست جامع کل نکاتشو براتون مینویسم. برنامه کم حجمیه و به راحتی هم روی اکثر سیستم عامل ها اجرا می شود. یه سری ایرادات داره که نتونستم حلش کنم مثلا پرایمر بلست مستقیما از روی نرم افزار روی ویندوز 11 ارور میده که هنوز نتونستم روش حلشو پیدا کنم.
PerlPrimer یک برنامه رابط کاربری گرافیکی متن باز و رایگان است که در Perl نوشته شده است که پرایمرهایی را برای PCR استاندارد، بی سولفیت PCR، PCR بلادرنگ (QPCR) و توالی طراحی می کند. هدف آن اتوماسیون و ساده سازی فرآیند طراحی پرایمر است.
ویژگی های فعلی PerlPrimer شامل موارد زیر است:
- محاسبه پرایمر-دایمرهای ممکن
- بازیابی توالی های ژنومی یا cdna از Ensembl (شامل هر دو توالی به طور خودکار برای QPCR)
- امکان جستجوی پرایمرهای BLAST با استفاده از سرور NCBI یا یک سرور محلی
- نتایج را می توان ذخیره کرد یا به صورت اختیاری در قالبی جدا شده از برگه که با اکثر برنامه های صفحه گسترده سازگار است صادر کرد.
- الگوریتم های تشخیص جزیره ORF و CpG
- قابلیت افزودن توالی های شبیه سازی به پرایمرها که به طور خودکار به صورت درون فریم تنظیم می شوند
- طراحی پرایمر QPCR بدون ورود دستی مرز اینترون اگزون
PerlPrimer دمای ذوب پرایمر را با استفاده از پارامترهای ترمودینامیکی گسترده نزدیکترین همسایه J. SantaLucia محاسبه می کند. برای تنظیم شرایط نمک PCR، PerlPrimer از فرمول تجربی مشتق شده توسط فون آهسن و همکاران استفاده می کند. (2001) و به کاربر اجازه می دهد غلظت Mg2+، dNTPs و پرایمرها را مشخص کند یا از شرایط استاندارد PCR استفاده کند. نتیجه پیش بینی بسیار دقیق دمای ذوب پرایمر است که باعث می شود حداکثر بازده محصول در هنگام تقویت شود.
PerlPrimer به زبان Perl و Perl/Tk نوشته شده است. علاوه بر این، برای عملکرد QPCR، PerlPrimer از منبع باز Spidey قابل اجرا از NCBI استفاده می کند، و داده های آنزیم محدود پروژه REBASE هنگام اضافه کردن سایت های شبیه سازی استفاده می شود. این برنامه به گونه ای طراحی شده است که با چند پلتفرم سازگار باشد و بر روی هر دو سیستم عامل مایکروسافت ویندوز و سیستم عامل های مبتنی بر گنو/لینوکس توسعه و آزمایش شده است. کاربران همچنین موفقیت در استفاده از برنامه تحت سیستم عامل Mac OS X را گزارش کرده اند.
لطفا در صورت مفید بودن این برنامه به مرجع زیر مراجعه کنید.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
دانلود رایگان نرم افزار طراحی پرایمرهای ریل تایم PerlPrimer v1.1.21
PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Latest version is 1.1.21.
