
دانلود Oligo v7.60 - نرم افزار طراحی و تجزیه و تحلیل پرایمر الیگو 7
الیگو 7 بدون شک یکی از بهترین نرم افزارهای مرتبط با طراحی پرایمر می باشد که به راحتی به شما امکان طراحی دستی و همچنین اتوماتیک را با وارد کردن ویژگی های دلخواه و مد نظر شما می دهد. در ادامه مطلب همراه ژنیک باشید تا با امکانات کامل این نرم افزار مشهور آشنا شوید.
نرمافزار Oligo یک نرمافزار تجاری برای طراحی و شبیهسازی الیگونوکلئوتیدها (DNA و RNA) است. این نرمافزار از طراحی الیگونوکلئوتیدهای PCR، طراحی پرایمرها، بررسی ساختار دوم DNA و RNA و تعیین دمای ذوب محصولات PCR و hybridization استفاده میکند.
Oligo دارای ابزارهای مختلفی برای تحلیل و طراحی الیگونوکلئوتیدها است، از جمله:
- ابزار طراحی الیگوهای PCR با توجه به شرایط مختلفی مانند تعداد گوشهها، طول الیگو، دمای ذوب و غیره.
- ابزار طراحی پرایمرهای تشدید سیکلهای تکرشتهای (TASPCR).
- ابزار تعیین دمای ذوب (Tm) برای الیگونوکلئوتیدها و همچنین محصولات PCR.
- ابزار تحلیل ساختار دوم DNA و RNA.
- ابزار بررسی آلودگی الیگونوکلئوتیدها با پلیمراز آنزیم آلودگیکننده (PEA).
به کمک Oligo میتوان به راحتی الیگونوکلئوتیدهای مورد نیاز را طراحی کرده و به تحقیقات بیولوژیکی و پزشکی کمک کرد.
نرم افزار Oligo یک نرم افزار محاسباتی است که برای طراحی و شبیهسازی آمپلیفیکاسیون PCR (پلیمراز زنجیرهای) استفاده میشود. این نرم افزار با توجه به توالی DNA هدف و شرایط آمپلیفیکاسیون (مانند دمای انجام واکنش و ترکیبات ریاکشن)، تعیین میکند که چه پرایمرهایی باید برای آمپلیفیکیشن استفاده شوند و چگونه شرایط آمپلیفیکیشن باید تنظیم شوند.
از مزایای استفاده از نرم افزار Oligo، افزایش دقت در طراحی آمپلیفیکاسیون و کاهش خطر واکنش های ناکام، کاهش هزینه ها و زمان طراحی و افزایش سرعت اجرای واکنش ها میباشد.
این نرم افزار برای محققان و علمپژوهانی که در زمینه ژنتیک، بیوشیمی و بیوتکنولوژی فعالیت میکنند، بسیار مفید است.
در ادامه به برخی از ویژگی های کلیدی نرم افزار Oligo اشاره می کنیم:
- الگوریتم های جستجوی پیشرفته: نرم افزار Oligo از الگوریتم های جستجوی پیشرفته برای یافتن پرایمرهای بهینه استفاده می کند. این الگوریتم ها به طور مداوم به روز می شوند تا بتوانند پرایمرهای بهینه را برای توالی های مختلف DNA پیدا کنند.
- قابلیت های تجزیه و تحلیل پیشرفته: نرم افزار Oligo دارای قابلیت های تجزیه و تحلیل پیشرفته برای بررسی ویژگی های ساختاری و اتصالی پرایمرها است. این قابلیت ها به کاربران کمک می کنند تا پرایمرهای خود را به طور دقیق ارزیابی کنند و پرایمرهای با کیفیت بالاتری را انتخاب کنند.
- رابط کاربری گرافیکی کاربرپسند: نرم افزار Oligo دارای یک رابط کاربری گرافیکی کاربرپسند است که استفاده از آن را برای کاربران مبتدی و پیشرفته آسان می کند.
- طراحی پرایمرهای PCR بهینه برای اهداف مختلف، از جمله PCR معمولی، PCR TaqMan، PCR متعدد و PCR degenerate
- تجزیه و تحلیل ویژگی های ساختاری و اتصالی پرایمرها، از جمله طول، GC محتوا، ثبات حرارتی و توالی 3'
- طراحی پروب های مختلف، از جمله پروب های FISH، پروب های DNA microarray و پروب های RT-PCR
- طراحی ژن های مصنوعی با طول و توالی دلخواه
نرم افزار Oligo یک ابزار ارزشمند برای محققان، دانشجویان و سایر افراد فعال در زمینه های ژنتیک و بیوتکنولوژی است. این نرم افزار می تواند به کاربران کمک کند تا پرایمرهای بهینه را برای اهداف مختلف طراحی و تجزیه و تحلیل کنند.
در اینجا برخی از کاربردهای نرم افزار Oligo آورده شده است:
- طراحی پرایمرهای PCR برای شناسایی و توالی یابی ژن ها
- طراحی پرایمرهای PCR برای تشخیص بیماری ها
- طراحی پرایمرهای PCR برای مهندسی ژنتیک
- طراحی پروب های FISH برای تصویربرداری از DNA
- طراحی پروب های DNA microarray برای تجزیه و تحلیل ژنوم
- طراحی ژن های مصنوعی برای کاربردهای بیوتکنولوژی
نرم افزار Oligo را می توان به عنوان یک ابزار ضروری و لازم برای طراحی و تجزیه و تحلیل پرایمر های PCR، ژن های مصنوعی و انواع مختلف پروب ها (probe) از جمله siRNA و molecular beacons نام برد. الگوریتم های جستجو در Oligo، بر مبنای جدیترین اطلاعات، پرایمرهای بهینه شامل Taqman, highly multiplexed, consensus یا پرایمرهای degenerate را برای PCR پیدا می کنند. در این نرم افزار پردازش گروهی فایل ها امکان پذیر بوده و علاوه بر این می توان از آن به عنوان ابزاری ارزشمند در تشخیص جهش های ژنتیکی استفاده نمود. هر پرایمر و یا جفت پرایمر، Oligo تجزیه و تحلیل های مختلف را به همراه اطلاعات مفیدی مانند DNA و ساختار ثانویه RNA، پرایمرهای نادرست، ترکیبات و خواص فیزیکی مفید و ... را نشان می دهد.
قابلیت های کلیدی نرم افزار Oligo:
- طراحی پرایمر ها
- تجزیه و تحلیل پرایمرهای پی سی آر
- طراحی و تجزیه و تحلیل انواع پروب ها
- پردازش گروهای فایل ها
- تشخیص جهش های ژنتیکی
- نمایش ترکیب های مفید هر پرایمر
- و ....
مزایای نرم افزار Oligo:
- قدرتمند و انعطاف پذیر
- طیف گسترده ای از قابلیت ها
- استفاده آسان
- امکان استفاده از پایگاه داده های ژنومی و پروتئینی
معایب نرم افزار Oligo:
- نیاز به دانش اولیه در زمینه طراحی پرایمر
- ممکن است برای کاربران تازه کار کمی پیچیده باشد