امروز : سه شنبه 16 خرداد 1402
با سلام. در این مطلب به نحوه طراحی یا بهتر بگم دریافت پرایمر های مربوط به ژن مورد نظر با استفاده از پایگاه داده Ncbi می پردازیم. همانطور که میدانید پایگاه داده ی Ncbi دارای بخش های بسیار زیادی می باشد که مطمئنن یکی از مهمترین بخش های آن بخش پرایمر بلست (Primer blast) می باشد که از اینجا قابل دسترسی می باشد. هرچند از منوی اول سایت و گزینه بلست نیز می توانید به مجموعه ابزارهای Blast دسترسی پیدا کنید. در پست های قبل نحوه دریافت توالی ژن رو به صورت کامل بهتون آموزش دادم که می تونید از اینجا به پست مربوطه رفته و آن را در صورت نیاز مطالعه کنید. در مرحله اول لازم است شما توالی خود را وارد کنید.
در بخش شماره 1 لازم است توالی وارد شود که به چند روش می تونید انجام بدید : یا شماره دسترسی یا وارد کردن توالی به صورت FASTA یا به طور کلی توالی رو از سایت دانلود کنید و بعد در قالب فرمت FASTA آپلود کنید.
در بخش دوم می تونید دامنه پرایمرها رو وارد کنید و بگید پرایمر فوروارد و ریورستون از چند تا چند باشه.
بخش بعدی Primer Parameters می باشد که تقریبا به صورت پیشفرض قرار داده می شود.
قسمت بعدی Exon/intron selection می باشد که برای شرایط خاص می توانید انتخاب کنید پرایمر شما Exon junction باشد یا نه!!!
بخش آخر مربوط به Primer Pair Specificity Checking Parameters می باشد که دیتابیس و ارگانیسم را می توانید انتخاب کنید که در آینده سعی می شود این بخش ها را در پستی جداگانه بیشتر توضیح دهیم و اگر زیاد دچار مشکل بودید در کامنت ها پاسخگو شما هستم.
در آخر برو روی گزینه Get Primers کلیک کرده و منتظر می مانیم.
صفحه انتظار که بسته به سرعت اینترنت شما زمان متفاوت می باشد.
تصویر گرافیکی از پرایمرها و موقعیت آن ها روی ژن که با نگه داشتن نشانگر موس روی آن ها اطلاعات دقیقتری نمایان می شود.
و تصویر آخر مربوط به جزئیات پرایمرها می باشد.
در آینده سعی می شود تجزیه و تحلیل پرایمرها آموزش داده شود تا بتوانید بهترین پرایمرها را برای کار خود انتخاب کنید.