امروز : سه شنبه 16 خرداد 1402
به زودی تصاویر مربوط به آموزش در همین پست قرار خواهند گرفت. همیشه سعی میکنیم قسمت های مختلف این نرم افزار را بررسی کنیم تا زمانی که هیچ نکته ای باقی نماند.
با اجرای نرم‌افزار BioEdit می‌توانید توالی DNA یا پروتئین مورد نظر را وارد کنید و به صورت گسترده ای با آن کار کنید. در ادامه، نحوه استفاده از BioEdit برای ویرایش و تحلیل توالی‌های DNA و پروتئینی شرح داده شده است:
باز کردن توالی: برای باز کردن یک توالی، از منوی "File" گزینه "Open" را انتخاب کرده و فایل مورد نظر خود را با پسوند .fasta یا .gbk و یا هر یک از پسوندهای مربوط به توالی های دیگر وارد کنید.در کل بایو ادیت از فرمتهای بسیار زیادی نظیر Genbank (*.gbk, *.gen, *.gb, *.gnk) و Fasta (*.fas, *.fst, *.fsa, *.fasta) پشتیبانی میکند.
ویرایش توالی: برای ویرایش توالی، از منوی "Sequence" گزینه "Edit Sequence" را انتخاب کنید. در این قسمت می‌توانید توالی را برش دهید، به آن توالی اضافه کنید و یا تغییرات دیگری اعمال کنید. بعد از اتمام کار بر روی Apply and close کلیک کنید.
تحلیل توالی: BioEdit به شما اجازه می‌دهد تا بررسی‌های مختلفی روی توالی‌های خود انجام دهید. برای مثال، می‌توانید ترجمه توالی، پیدا کردن ناهمگونی ها، محاسبه GC و AT درصد و ... را انجام دهید.
آنالیز ساختارهای ثانویه پروتئین: با استفاده از BioEdit، می توانید ساختارهای ثانویه پروتئین را بررسی کنید، به آنها نمایش دهید و آنها را ویرایش کنید.
ذخیره توالی: برای ذخیره توالی ویرایش شده، از منوی "File" گزینه "Save" یا "Save As" را انتخاب کنید و فرمت مورد نظر خود را انتخاب کنید.
ایجاد گزارش: اگر می‌خواهید گزارشی از تحلیل‌های خود بسازید، می‌توانید از منوی "File" گزینه "Print Report" را انتخاب کنید.
استفاده از Bioedit برای بهبود توالی DNA
گرفتن بخش مورد نظر از DNA
فایل های ab1 فوروارد و ریورس برای توالی خود را با Bioedit باز کنید.
پنجره ای که حاوی موج های کروماتوگرام توالی فوروارد است را پیدا کنید. اگر توالی تمیز دارید، باید قله های واضح و بدون ابهامی که نمایانگر A، T، C و G هستند را ببینید. اگر با مشاهده آنها مشکل دارید، از نوار پیمایشی سمت چپ برای تنظیم ارتفاع موج ها استفاده کنید.
به راست حرکت کنید تا موج های کروماتوگرام به پایان برسند (حدود 410 جفت باز پایه). توالی تولید شده بیشتر از این نقطه به بعد DNA نامفید است. انتهای نقطه پایانی توالی خود را یادداشت کنید.
پنجره ای که شامل توالی فوروارد در فرمت fasta است (فقط حروف، بدون موج کروماتوگرام) را پیدا کنید.
a. در منوی کشویی در گوشه سمت چپ بالا، حالت را از "انتخاب / لغزش" به "ویرایش" تغییر دهید.
b. همه چیز بعد از نقطه پایانی توالی مورد نظر خود را برجسته کرده و آنها را حذف کنید.
** می توانید به صورت دستی کلیک کنید و به انتخاب همه چیز بپردازید، یا:
i. بر روی نقطه پایانی مورد نظر کلیک کنید
ii. به ویژگی "انتخاب تا انتها" در نوار ابزار بالایی بروید.
اتصال دادن توالی‌های فوروارد و ریورس
۱. از سمت چپ، فایل فرمت fasta ریورس را انتخاب کنید (مانند BR_3.g1) و کلید Shift+Ctrl+R را فشار دهید تا نخستین توالی را در جهت معکوس تغییر دهید. این کار باعث می‌شود که توالی‌های فوروارد و ریورس در همان جهت قرار گیرند و (بیشتر) همان نوکلئوتیدها را داشته باشند.
۲. بر روی نام فایل سمت چپ از توالی دوبار کلیک کرده تا یک پنجره ویرایش جدید باز شود.
۳. تمام توالی را انتخاب و کپی کنید (Ctrl+C)
۴. به پنجره fasta فوروارد بروید. گزینه "توالی جدید" را در زیر گزینه "توالی" در نوار ابزار بالا انتخاب کنید.
ویرایش هم‌ترازی
در نوار ابزار بالای برنامه، در قسمت "Accessory Application"، گزینه "ClustalW multiple alignment" را انتخاب کنید. این برنامه، دو رشته‌ی DNA شما را به هم می‌چسباند.
a. برای اجرای ClustalW، بر روی "Run ClustalW" و "OK" کلیک کنید.
بر روی آیکون‌های رنگی که حالت‌های مختلف نمایش را نشان می‌دهند، موشواره را حرکت دهید و "shade identities and similarities" را انتخاب کنید. این باعث می‌شود نواحی‌ای که در رشته‌های Forward و Reverse به یکدیگر می‌چسبند، بهتر دیده شوند.
از انتهای دنباله‌ی DNA شروع به ویرایش تفاوت‌ها کنید. برای مشخص کردن هر آمینواسید، به کروماتوگرام‌ها مراجعه کنید و ببینید کدام موج‌های نوکلئوتیدی قابل اعتماد‌تر هستند. (اگر نمونه شما آلوده شده باشد، این کار ممکن است سخت باشد.)
a. در پنجره‌ی کروماتوگرام برای رشته‌ی Reverse، گزینه "Reverse Complement" را در قسمت "View" انتخاب کنید. این باعث می‌شود موج‌های نوکلئوتیدی برای رشته‌ی کامل ریورس کمپلمنت نمایش داده شوند. (اولین چند صد نوکلئوتید، جزئیات بیشتری ندارند و مربوط به junk DNA است که در انتهای دنباله بوده است.)
b. برای پیدا کردن مناطق مورد نظر در پنجره کروماتوگرام، قسمت کوچکی از دنباله را کپی و در قسمت جستجو (Ctrl+F) قرار دهید.
c. در هنگام بررسی جفت پایه ها، مطمئن شوید که به کدام توالی نگاه می کنید!
۴. ۱۰ جفت اول پایه را از ابتدای توالی خود (جایی که پرایمرها بسته شدند) حذف کنید.
۵. وقتی کارتان تمام شد، بر روی نام فایل بالا یا پایین دوبار کلیک کنید (هر دو یکسان هستند) تا پنجره جدیدی برای ویرایش باز شود.
a. این توالی جدید را در Microsoft Word کپی و پیست کرده و برای BLAST ذخیره کنید.